TY - JOUR AU - Znameroski, E. A. AU - Glass, N. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Using a model filamentous fungus to unravel mechanisms of lignocellulose deconstruction JO - Biotechnol Biofuels VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1754-6834-6-6 DO - 10.1186/1754-6834-6-6 ID - Znameroski2013 ER - TY - JOUR AU - Gururajan, V. T. AU - Pretorius, I. S. AU - Otero, R. R. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Molecular cloning and functional expression of a novel Neurospora crassa xylose reductase in Saccharomyces cerevisiae in the development of a xylose fermenting strain JO - Ann Microbiol VL - 57 UR - https://doi.org/10.1007/BF03175211 DO - 10.1007/BF03175211 ID - Gururajan2007 ER - TY - JOUR AU - Karhumaa, K. AU - Fromanger, R. AU - Hahn-Hagerdal, B. AU - Gorwa-Grauslund, M. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - High activity of xylose reductase and xylitol dehydrogenase improves xylose fermentation by recombinant Saccharomyces cerevisiae JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 73 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-006-0575-3 DO - 10.1007/s00253-006-0575-3 ID - Karhumaa2007 ER - TY - JOUR AU - Wohlbach, D. J. AU - Kuo, A. AU - Sato, T. K. AU - Potts, K. M. AU - Salamov, A. A. AU - LaButti, K. M. AU - Sun, H. AU - Clum, A. AU - Pangilinan, J. L. AU - Lindquist, E. A. AU - Lucas, S. AU - Lapidus, A. AU - Jin, M. AU - Gunawan, C. AU - Balan, V. AU - Dale, B. E. AU - Jeffries, T. W. AU - Zinkel, R. AU - Barry, K. W. AU - Grigoriev, I. V. AU - Gasch, A. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Comparative genomics of xylose-fermenting fungi for enhanced biofuel production JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1103039108 DO - 10.1073/pnas.1103039108 ID - Wohlbach2011 ER - TY - JOUR AU - Sedlak, M. AU - Edenberg, H. J. AU - Ho, N. W. Y. PY - 2003 DA - 2003// TI - DNA microarray analysis of the expression of the genes encoding the major enzymes in ethanol production during glucose and xylose co-fermentation by metabolically engineered Saccharomyces yeast JO - Enzyme Microb Tech VL - 33 UR - https://doi.org/10.1016/S0141-0229(03)00067-X DO - 10.1016/S0141-0229(03)00067-X ID - Sedlak2003 ER - TY - JOUR AU - Yuan, T. AU - Ren, Y. AU - Meng, K. AU - Feng, Y. AU - Yang, P. AU - Wang, S. AU - Shi, P. AU - Wang, L. AU - Xie, D. AU - Yao, B. PY - 2011 DA - 2011// TI - RNA-Seq of the xylose-fermenting yeast Scheffersomyces stipitis cultivated in glucose or xylose JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 92 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-011-3607-6 DO - 10.1007/s00253-011-3607-6 ID - Yuan2011 ER - TY - JOUR AU - Jorgensen, T. R. AU - Goosen, T. AU - Hondel, C. A. AU - Ram, A. F. AU - Iversen, J. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Transcriptomic comparison of Aspergillus niger growing on two different sugars reveals coordinated regulation of the secretory pathway JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-44 DO - 10.1186/1471-2164-10-44 ID - Jorgensen2009 ER - TY - JOUR AU - Sun, J. AU - Tian, C. AU - Diamond, S. AU - Glass, N. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Deciphering transcriptional regulatory mechanisms associated with hemicellulose degradation in Neurospora crassa JO - Eukaryot Cell VL - 11 UR - https://doi.org/10.1128/EC.05327-11 DO - 10.1128/EC.05327-11 ID - Sun2012 ER - TY - JOUR AU - Du, J. AU - Li, S. AU - Zhao, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Discovery and characterization of novel d-xylose-specific transporters from Neurospora crassa and Pichia stipitis JO - Mol Biosyst VL - 6 UR - https://doi.org/10.1039/c0mb00007h DO - 10.1039/c0mb00007h ID - Du2010 ER - TY - JOUR AU - Fonseca, C. AU - Olofsson, K. AU - Ferreira, C. AU - Runquist, D. AU - Fonseca, L. L. AU - Hahn-Hagerdal, B. AU - Liden, G. PY - 2011 DA - 2011// TI - The glucose/xylose facilitator Gxf1 from Candida intermedia expressed in a xylose-fermenting industrial strain of Saccharomyces cerevisiae increases xylose uptake in SSCF of wheat straw JO - Enzyme Microb Tech VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/j.enzmictec.2011.02.010 DO - 10.1016/j.enzmictec.2011.02.010 ID - Fonseca2011 ER - TY - JOUR AU - Subtil, T. AU - Boles, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Improving L-arabinose utilization of pentose fermenting Saccharomyces cerevisiae cells by heterologous expression of L-arabinose transporting sugar transporters JO - Biotechnol Biofuels VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1754-6834-4-38 DO - 10.1186/1754-6834-4-38 ID - Subtil2011 ER - TY - JOUR AU - Gielkens, M. M. C. AU - Dekkers, E. AU - Visser, J. AU - de Graaff, L. H. PY - 1999 DA - 1999// TI - Two cellobiohydrolase-encoding genes from Aspergillus niger require D-xylose and the xylanolytic transcriptional activator XlnR for their expression JO - Appl Environ Microb VL - 65 ID - Gielkens1999 ER - TY - JOUR AU - Marui, J. AU - Tanaka, A. AU - Mimura, S. AU - de Graaff, L. H. AU - Visser, J. AU - Kitamoto, N. AU - Kato, M. AU - Kobayashi, T. AU - Tsukagoshi, N. PY - 2002 DA - 2002// TI - A transcriptional activator, AoXlnR, controls the expression of genes encoding xylanolytic enzymes in Aspergillus oryzae JO - Fungal Genet Biol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1006/fgbi.2001.1321 DO - 10.1006/fgbi.2001.1321 ID - Marui2002 ER - TY - JOUR AU - Mach-Aigner, A. R. AU - Pucher, M. E. AU - Mach, R. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - D-Xylose as a repressor or inducer of xylanase expression in Hypocrea jecorina (Trichoderma reesei) JO - Appl Environ Microbiol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02746-09 DO - 10.1128/AEM.02746-09 ID - Mach-Aigner2010 ER - TY - JOUR AU - Hasper, A. A. AU - Trindade, L. M. AU - van der Veen, D. AU - van Ooyen, A. J. AU - de Graaff, L. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Functional analysis of the transcriptional activator XlnR from Aspergillus niger JO - Microbiology VL - 150 UR - https://doi.org/10.1099/mic.0.26557-0 DO - 10.1099/mic.0.26557-0 ID - Hasper2004 ER - TY - JOUR AU - Stricker, A. R. AU - Grosstessner-Hain, K. AU - Wurleitner, E. AU - Mach, R. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Xyr1 (xylanase regulator 1) regulates both the hydrolytic enzyme system and D-xylose metabolism in Hypocrea jecorina JO - Eukaryot Cell VL - 5 UR - https://doi.org/10.1128/EC.00211-06 DO - 10.1128/EC.00211-06 ID - Stricker2006 ER - TY - JOUR AU - Seiboth, B. AU - Metz, B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Fungal arabinan and L-arabinose metabolism JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 89 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-010-3071-8 DO - 10.1007/s00253-010-3071-8 ID - Seiboth2011 ER - TY - JOUR AU - Battaglia, E. AU - Visser, L. AU - Nijssen, A. AU - van Veluw, G. J. AU - Wosten, H. A. AU - de Vries, R. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Analysis of regulation of pentose utilisation in Aspergillus niger reveals evolutionary adaptations in Eurotiales JO - Stud Mycol VL - 69 UR - https://doi.org/10.3114/sim.2011.69.03 DO - 10.3114/sim.2011.69.03 ID - Battaglia2011 ER - TY - JOUR AU - Battaglia, E. AU - Hansen, S. F. AU - Leendertse, A. AU - Madrid, S. AU - Mulder, H. AU - Nikolaev, I. AU - de Vries, R. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Regulation of pentose utilisation by AraR, but not XlnR, differs in Aspergillus nidulans and Aspergillus niger JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 91 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-011-3242-2 DO - 10.1007/s00253-011-3242-2 ID - Battaglia2011 ER - TY - JOUR AU - Davis, R. H. AU - Perkins, D. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Neurospora: a model of model microbes JO - Nat Rev Genet VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nrg797 DO - 10.1038/nrg797 ID - Davis2002 ER - TY - JOUR AU - Bae, B. AU - Sullivan, R. P. AU - Zhao, H. AU - Nair, S. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Structure and engineering of L-arabinitol 4-dehydrogenase from Neurospora crassa JO - J Mol Biol VL - 402 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2010.07.033 DO - 10.1016/j.jmb.2010.07.033 ID - Bae2010 ER - TY - JOUR AU - Woodyer, R. AU - Simurdiak, M. AU - van der Donk, W. A. AU - Zhao, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Heterologous expression, purification, and characterization of a highly active xylose reductase from Neurospora crassa JO - Appl Environ Microbiol VL - 71 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.71.3.1642-1647.2005 DO - 10.1128/AEM.71.3.1642-1647.2005 ID - Woodyer2005 ER - TY - JOUR AU - Nair, N. AU - Zhao, H. PY - 2001–2004 DA - 2001–2004// TI - Biochemical characterization of an L-xylulose reductase from Neurospora crassa JO - Appl Environ Microbiol VL - 2007 ID - Nair2001–2004 ER - TY - JOUR AU - Sullivan, R. AU - Zhao, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Cloning, characterization, and mutational analysis of a highly active and stable L-arabinitol 4-dehydrogenase from Neurospora crassa JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-007-1225-0 DO - 10.1007/s00253-007-1225-0 ID - Sullivan2007 ER - TY - JOUR AU - Akel, E. AU - Metz, B. AU - Seiboth, B. AU - Kubicek, C. P. PY - 1837–1844 DA - 1837–1844// TI - Molecular regulation of arabinan and L-arabinose metabolism in Hypocrea jecorina (Trichoderma reesei) JO - Eukaryot Cell VL - 2009 ID - Akel1837–1844 ER - TY - JOUR AU - Davis, R. H. AU - De Serres, F. J. PY - 1970 DA - 1970// TI - Genetic and microbiological research techniques for Neurospora crassa JO - Methods Enzymol VL - 17 ID - Davis1970 ER - TY - JOUR AU - Anders, S. AU - Huber, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Differential expression analysis for sequence count data JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-10-r106 DO - 10.1186/gb-2010-11-10-r106 ID - Anders2010 ER - TY - JOUR AU - McIntyre, L. M. AU - Lopiano, K. K. AU - Morse, A. M. AU - Amin, V. AU - Oberg, A. L. AU - Young, L. J. AU - Nuzhdin, S. V. PY - 2011 DA - 2011// TI - RNA-seq: technical variability and sampling JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-293 DO - 10.1186/1471-2164-12-293 ID - McIntyre2011 ER - TY - JOUR AU - de Hoon, M. J. L. AU - Imoto, S. AU - Nolan, J. AU - Miyano, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Open source clustering software JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth078 DO - 10.1093/bioinformatics/bth078 ID - de Hoon2004 ER - TY - JOUR AU - Ruepp, A. AU - Zollner, A. AU - Maier, D. AU - Albermann, K. AU - Hani, J. AU - Mokrejs, M. AU - Tetko, I. AU - Guldener, U. AU - Mannhaupt, G. AU - Munsterkotter, M. AU - Mewes, H. W. PY - 2004 DA - 2004// TI - The FunCat, a functional annotation scheme for systematic classification of proteins from whole genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh894 DO - 10.1093/nar/gkh894 ID - Ruepp2004 ER - TY - JOUR AU - Madi, L. AU - McBride, S. A. AU - Bailey, L. A. AU - Ebbole, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - rco-3, a gene involved in glucose transport and conidiation in Neurospora crassa JO - Genetics VL - 146 ID - Madi1997 ER - TY - JOUR AU - Galazka, J. M. AU - Tian, C. AU - Beeson, W. T. AU - Martinez, B. AU - Glass, N. L. AU - Cate, J. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Cellodextrin transport in yeast for improved biofuel production JO - Science VL - 330 UR - https://doi.org/10.1126/science.1192838 DO - 10.1126/science.1192838 ID - Galazka2010 ER - TY - JOUR AU - Benz, J. P. AU - Chau, B. H. AU - Zheng, D. AU - Bauer, S. AU - Glass, N. L. AU - Somerville, C. R. PY - 2014 DA - 2014// TI - A comparative systems analysis of polysaccharide-elicited responses in Neurospora crassa reveals carbon source-specific cellular adaptations JO - Mol Microbiol VL - 91 UR - https://doi.org/10.1111/mmi.12459 DO - 10.1111/mmi.12459 ID - Benz2014 ER - TY - JOUR AU - Znameroski, E. A. AU - Coradetti, S. T. AU - Roche, C. M. AU - Tsai, J. C. AU - Iavarone, A. T. AU - Cate, J. H. AU - Glass, N. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Induction of lignocellulose-degrading enzymes in Neurospora crassa by cellodextrins JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1118440109 DO - 10.1073/pnas.1118440109 ID - Znameroski2012 ER - TY - JOUR AU - Subtil, T. AU - Boles, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Competition between pentoses and glucose during uptake and catabolism in recombinant Saccharomyces cerevisiae JO - Biotechnol Biofuels VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1754-6834-5-14 DO - 10.1186/1754-6834-5-14 ID - Subtil2012 ER - TY - JOUR AU - Runquist, D. AU - Fonseca, C. AU - Radstrom, P. AU - Spencer-Martins, I. AU - Hahn-Hagerdal, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Expression of the Gxf1 transporter from Candida intermedia improves fermentation performance in recombinant xylose-utilizing Saccharomyces cerevisiae JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 82 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-008-1773-y DO - 10.1007/s00253-008-1773-y ID - Runquist2009 ER - TY - JOUR AU - Hector, R. E. AU - Qureshi, N. AU - Hughes, S. R. AU - Cotta, M. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Expression of a heterologous xylose transporter in a Saccharomyces cerevisiae strain engineered to utilize xylose improves aerobic xylose consumption JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-008-1583-2 DO - 10.1007/s00253-008-1583-2 ID - Hector2008 ER - TY - JOUR AU - Runquist, D. AU - Hahn-Hagerdal, B. AU - Radstrom, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Comparison of heterologous xylose transporters in recombinant Saccharomyces cerevisiae JO - Biotechnol Biofuels VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1754-6834-3-5 DO - 10.1186/1754-6834-3-5 ID - Runquist2010 ER - TY - JOUR AU - Katahira, S. AU - Ito, M. AU - Takema, H. AU - Fujita, Y. AU - Tanino, T. AU - Tanaka, T. AU - Fukuda, H. AU - Kondo, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Improvement of ethanol productivity during xylose and glucose co-fermentation by xylose-assimilating S. cerevisiae via expression of glucose transporter Sut1 JO - Enzyme Microb Tech VL - 43 UR - https://doi.org/10.1016/j.enzmictec.2008.03.001 DO - 10.1016/j.enzmictec.2008.03.001 ID - Katahira2008 ER - TY - JOUR AU - Ren, Q. AU - Chen, K. AU - Paulsen, I. T. PY - 2007 DA - 2007// TI - TransportDB: a comprehensive database resource for cytoplasmic membrane transport systems and outer membrane channels JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl925 DO - 10.1093/nar/gkl925 ID - Ren2007 ER - TY - JOUR AU - Xie, X. AU - Wilkinson, H. H. AU - Correa, A. AU - Lewis, Z. A. AU - Bell-Pedersen, D. AU - Ebbole, D. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Transcriptional response to glucose starvation and functional analysis of a glucose transporter of Neurospora crassa JO - Fungal Genet Biol VL - 41 UR - https://doi.org/10.1016/j.fgb.2004.08.009 DO - 10.1016/j.fgb.2004.08.009 ID - Xie2004 ER - TY - JOUR AU - Mach-Aigner, A. R. AU - Gudynaite-Savitch, L. AU - Mach, R. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - L-arabitol is the actual inducer of xylanase expression in Hypocrea jecorina (Trichoderma reesei) JO - Appl Environ Microbiol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.05427-11 DO - 10.1128/AEM.05427-11 ID - Mach-Aigner2011 ER - TY - JOUR AU - Jourdier, E. AU - Cohen, C. AU - Poughon, L. AU - Larroche, C. AU - Monot, F. AU - Chaabane, F. B. PY - 2013 DA - 2013// TI - Cellulase activity mapping of Trichoderma reesei cultivated in sugar mixtures under fed-batch conditions JO - Biotechnol Biofuels VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1754-6834-6-79 DO - 10.1186/1754-6834-6-79 ID - Jourdier2013 ER - TY - JOUR AU - de Souza, W. R. AU - Maitan-Alfenas, G. P. AU - de Gouvea, P. F. AU - Brown, N. A. AU - Savoldi, M. AU - Battaglia, E. AU - Goldman, M. H. AU - de Vries, R. P. AU - Goldman, G. H. PY - 2013 DA - 2013// TI - The influence of Aspergillus niger transcription factors AraR and XlnR in the gene expression during growth in d-xylose, l-arabinose and steam-exploded sugarcane bagasse JO - Fungal Genet Biol VL - 60 UR - https://doi.org/10.1016/j.fgb.2013.07.007 DO - 10.1016/j.fgb.2013.07.007 ID - de Souza2013 ER - TY - JOUR AU - Xiong, H. AU - Turunen, O. AU - Pastinen, O. AU - Leisola, M. AU - von Weymarn, N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Improved xylanase production by Trichoderma reesei grown on L-arabinose and lactose or D-glucose mixtures JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 64 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-003-1548-4 DO - 10.1007/s00253-003-1548-4 ID - Xiong2004 ER - TY - JOUR AU - Xiong, H. AU - von Weymarn, N. AU - Turunen, O. AU - Leisola, M. AU - Pastinen, O. PY - 2005 DA - 2005// TI - Xylanase production by Trichoderma reesei Rut C-30 grown on L-arabinose-rich plant hydrolysates JO - Bioresour Technol VL - 96 UR - https://doi.org/10.1016/j.biortech.2004.08.007 DO - 10.1016/j.biortech.2004.08.007 ID - Xiong2005 ER - TY - JOUR AU - Herold, S. AU - Bischof, R. AU - Metz, B. AU - Seiboth, B. AU - Kubicek, C. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Xylanase gene transcription in Trichoderma reesei is triggered by different inducers representing different hemicellulosic pentose polymers JO - Eukaryot Cell VL - 12 UR - https://doi.org/10.1128/EC.00182-12 DO - 10.1128/EC.00182-12 ID - Herold2013 ER - TY - JOUR AU - Vogel, H. J. PY - 1956 DA - 1956// TI - A convenient growth medium for Neurospora JO - Microb Genet Bull VL - 13 ID - Vogel1956 ER - TY - JOUR AU - Wieczorke, R. AU - Krampe, S. AU - Weierstall, T. AU - Freidel, K. AU - Hollenberg, C. P. AU - Boles, E. PY - 1999 DA - 1999// TI - Concurrent knock-out of at least 20 transporter genes is required to block uptake of hexoses in Saccharomyces cerevisiae JO - Febs Letters VL - 464 UR - https://doi.org/10.1016/S0014-5793(99)01698-1 DO - 10.1016/S0014-5793(99)01698-1 ID - Wieczorke1999 ER - TY - JOUR AU - Tian, C. AU - Beeson, W. T. AU - Iavarone, A. T. AU - Sun, J. AU - Marletta, M. A. AU - Cate, J. H. AU - Glass, N. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Systems analysis of plant cell wall degradation by the model filamentous fungus Neurospora crassa JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0906810106 DO - 10.1073/pnas.0906810106 ID - Tian2009 ER - TY - STD TI - FastQC. http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/, UR - http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ ID - ref51 ER - TY - JOUR AU - Patel, R. K. AU - Jain, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - NGS QC Toolkit: a toolkit for quality control of next generation sequencing data JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0030619 DO - 10.1371/journal.pone.0030619 ID - Patel2012 ER - TY - JOUR AU - Galagan, J. E. AU - Calvo, S. E. AU - Borkovich, K. A. AU - Selker, E. U. AU - Read, N. D. AU - Jaffe, D. AU - FitzHugh, W. AU - Ma, L. J. AU - Smirnov, S. AU - Purcell, S. AU - Rehman, B. AU - Elkins, T. AU - Engels, R. AU - Wang, S. AU - Nielsen, C. B. AU - Butler, J. AU - Endrizzi, M. AU - Qui, D. AU - Ianakiev, P. AU - Bell-Pedersen, D. AU - Nelson, M. A. AU - Werner-Washburne, M. AU - Selitrennikoff, C. P. AU - Kinsey, J. A. AU - Braun, E. L. AU - Zelter, A. AU - Schulte, U. AU - Kothe, G. O. AU - Jedd, G. AU - Mewes, W. PY - 2003 DA - 2003// TI - The genome sequence of the filamentous fungus Neurospora crassa JO - Nature VL - 422 UR - https://doi.org/10.1038/nature01554 DO - 10.1038/nature01554 ID - Galagan2003 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Roberts, A. AU - Goff, L. AU - Pertea, G. AU - Kim, D. AU - Kelley, D. R. AU - Pimentel, H. AU - Salzberg, S. L. AU - Rinn, J. L. AU - Pachter, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks JO - Nat Protoc VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2012.016 DO - 10.1038/nprot.2012.016 ID - Trapnell2012 ER - TY - JOUR AU - Gietz, R. D. AU - Woods, R. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Transformation of yeast by lithium acetate/single-stranded carrier DNA/polyethylene glycol method JO - Methods Enzymol VL - 350 UR - https://doi.org/10.1016/S0076-6879(02)50957-5 DO - 10.1016/S0076-6879(02)50957-5 ID - Gietz2002 ER - TY - JOUR AU - Bisson, L. F. AU - Fraenkel, D. G. PY - 1983 DA - 1983// TI - Involvement of kinases in glucose and fructose uptake by Saccharomyces cerevisiae JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 80 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.80.6.1730 DO - 10.1073/pnas.80.6.1730 ID - Bisson1983 ER -