TY - JOUR AU - Demirbas, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Political, economic and environmental impacts of biofuels: a review JO - Appl Energy VL - 86 UR - https://doi.org/10.1016/j.apenergy.2009.04.036 DO - 10.1016/j.apenergy.2009.04.036 ID - Demirbas2009 ER - TY - JOUR AU - Behzadi, S. AU - Farid, M. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Review: examining the use of different feedstock for the production of biodiesel JO - Asia Pac J Chem Eng VL - 2 UR - https://doi.org/10.1002/apj.85 DO - 10.1002/apj.85 ID - Behzadi2007 ER - TY - JOUR AU - Tilman, D. AU - Socolow, R. AU - Foley, J. A. AU - Hill, J. AU - Larson, E. AU - Lynd, L. AU - Pacala, S. AU - Reilly, J. AU - Searchinger, T. AU - Somerville, C. AU - Williams, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Beneficial biofuels-the food, energy, and environment trilemma JO - Science VL - 325 UR - https://doi.org/10.1126/science.1177970 DO - 10.1126/science.1177970 ID - Tilman2009 ER - TY - JOUR AU - Carere, C. R. AU - Sparling, R. AU - Cicek, N. AU - Levin, D. B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Third generation biofuels via direct cellulose fermentation JO - Int J Mol Sci VL - 9 UR - https://doi.org/10.3390/ijms9071342 DO - 10.3390/ijms9071342 ID - Carere2008 ER - TY - JOUR AU - da Silva, G. P. AU - Mack, M. AU - Contiero, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Glycerol: a promising and abundant carbon source for industrial microbiology JO - Biotechnol Adv VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2008.07.006 DO - 10.1016/j.biotechadv.2008.07.006 ID - da Silva2009 ER - TY - JOUR AU - Johnson, D. T. AU - Taconi, K. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - The glycerin glut: options for the value-added conversion of crude glycerol resulting from biodiesel production JO - Environ Prog VL - 26 UR - https://doi.org/10.1002/ep.10225 DO - 10.1002/ep.10225 ID - Johnson2007 ER - TY - JOUR AU - Yang, F. X. AU - Hanna, M. A. AU - Sun, R. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Value-added uses for crude glycerol-a byproduct of biodiesel production JO - Biotechnol Biofuels VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1754-6834-5-13 DO - 10.1186/1754-6834-5-13 ID - Yang2012 ER - TY - JOUR AU - Yazdani, S. S. AU - Gonzalez, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Anaerobic fermentation of glycerol: a path to economic viability for the biofuels industry JO - Curr Opin Biotechnol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/j.copbio.2007.05.002 DO - 10.1016/j.copbio.2007.05.002 ID - Yazdani2007 ER - TY - JOUR AU - Biebl, H. PY - 2001 DA - 2001// TI - Fermentation of glycerol by Clostridium pasteurianum - Batch and continuous culture studies JO - J Ind Microbiol Biotechnol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1038/sj.jim.7000155 DO - 10.1038/sj.jim.7000155 ID - Biebl2001 ER - TY - JOUR AU - Dabrock, B. AU - Bahl, H. AU - Gottschalk, G. PY - 1992 DA - 1992// TI - Parameters affecting solvent production by Clostridium pasteurianum JO - Appl Environ Microbiol VL - 58 ID - Dabrock1992 ER - TY - JOUR AU - Taconi, K. A. AU - Venkataramanan, K. P. AU - Johnson, D. T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Growth and solvent production by Clostridium pasteurianum ATCC (R) 6013 (TM) utilizing biodiesel-derived crude glycerol as the sole carbon source JO - Environ Prog Sustainable Energy VL - 28 UR - https://doi.org/10.1002/ep.10350 DO - 10.1002/ep.10350 ID - Taconi2009 ER - TY - JOUR AU - Jensen, T. O. AU - Kvist, T. AU - Mikkelsen, M. J. AU - Christensen, P. V. AU - Westermann, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fermentation of crude glycerol from biodiesel production by Clostridium pasteurianum JO - J Ind Microbiol Biotechnol VL - 39 UR - https://doi.org/10.1007/s10295-011-1077-6 DO - 10.1007/s10295-011-1077-6 ID - Jensen2012 ER - TY - JOUR AU - Jensen, T. O. AU - Kvist, T. AU - Mikkelsen, M. J. AU - Westermann, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Production of 1,3-PDO and butanol by a mutant strain of Clostridium pasteurianum with increased tolerance towards crude glycerol JO - AMB Express VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/2191-0855-2-44 DO - 10.1186/2191-0855-2-44 ID - Jensen2012 ER - TY - JOUR AU - Malaviya, A. AU - Jang, Y. S. AU - Lee, S. Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - Continuous butanol production with reduced byproducts formation from glycerol by a hyper producing mutant of Clostridium pasteurianum JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 93 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-011-3629-0 DO - 10.1007/s00253-011-3629-0 ID - Malaviya2012 ER - TY - JOUR AU - Pyne, M. E. AU - Moo-Young, M. AU - Chung, D. A. AU - Chou, C. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Development of an electrotransformation protocol for genetic manipulation of Clostridium pasteurianum JO - Biotechnol Biofuels VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1754-6834-6-50 DO - 10.1186/1754-6834-6-50 ID - Pyne2013 ER - TY - JOUR AU - Papoutsakis, E. T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Engineering solventogenic clostridia JO - Curr Opin Biotechnol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.copbio.2008.08.003 DO - 10.1016/j.copbio.2008.08.003 ID - Papoutsakis2008 ER - TY - JOUR AU - Pyne, M. E. AU - Bruder, M. AU - Moo-Young, M. AU - Chung, D. A. AU - Chou, C. P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Technical guide for genetic advancement of underdeveloped and intractable Clostridium JO - Biotechnol Adv VL - 32 UR - https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2014.04.003 DO - 10.1016/j.biotechadv.2014.04.003 ID - Pyne2014 ER - TY - JOUR AU - Heap, J. T. AU - Kuehne, S. A. AU - Ehsaan, M. AU - Cartman, S. T. AU - Cooksley, C. M. AU - Scott, J. C. AU - Minton, N. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - The ClosTron: mutagenesis in Clostridium refined and streamlined JO - J Microbiol Methods VL - 80 UR - https://doi.org/10.1016/j.mimet.2009.10.018 DO - 10.1016/j.mimet.2009.10.018 ID - Heap2010 ER - TY - JOUR AU - Heap, J. T. AU - Pennington, O. J. AU - Cartman, S. T. AU - Carter, G. P. AU - Minton, N. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - The ClosTron: a universal gene knock-out system for the genus Clostridium JO - J Microbiol Methods VL - 70 UR - https://doi.org/10.1016/j.mimet.2007.05.021 DO - 10.1016/j.mimet.2007.05.021 ID - Heap2007 ER - TY - JOUR AU - Shao, L. AU - Hu, S. AU - Yang, Y. AU - Gu, Y. AU - Chen, J. AU - Jiang, W. AU - Yang, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Targeted gene disruption by use of a group II intron (targetron) vector in Clostridium acetobutylicum JO - Cell Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/cr.2007.91 DO - 10.1038/cr.2007.91 ID - Shao2007 ER - TY - JOUR AU - Cai, G. Q. AU - Jin, B. AU - Saint, C. AU - Monis, P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genetic manipulation of butyrate formation pathways in Clostridium butyricum JO - J Biotechnol VL - 155 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2011.07.004 DO - 10.1016/j.jbiotec.2011.07.004 ID - Cai2011 ER - TY - JOUR AU - Cui, G. Z. AU - Hong, W. AU - Zhang, J. AU - Li, W. L. AU - Feng, Y. G. AU - Liu, Y. J. AU - Cui, Q. PY - 2012 DA - 2012// TI - Targeted gene engineering in Clostridium cellulolyticum H10 without methylation JO - J Microbiol Methods VL - 89 UR - https://doi.org/10.1016/j.mimet.2012.02.015 DO - 10.1016/j.mimet.2012.02.015 ID - Cui2012 ER - TY - JOUR AU - Li, Y. C. AU - Tschaplinski, T. J. AU - Engle, N. L. AU - Hamilton, C. Y. AU - Rodriguez, M. AU - Liao, J. C. AU - Schadt, C. W. AU - Guss, A. M. AU - Yang, Y. F. AU - Graham, D. E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Combined inactivation of the Clostridium cellulolyticum lactate and malate dehydrogenase genes substantially increases ethanol yield from cellulose and switchgrass fermentations JO - Biotechnol Biofuels VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1754-6834-5-2 DO - 10.1186/1754-6834-5-2 ID - Li2012 ER - TY - JOUR AU - Mohr, G. AU - Hong, W. AU - Zhang, J. AU - Cui, G. Z. AU - Yang, Y. F. AU - Cui, Q. AU - Liu, Y. J. AU - Lambowitz, A. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - A targetron system for gene targeting in thermophiles and its application in Clostridium thermocellum JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0069032 DO - 10.1371/journal.pone.0069032 ID - Mohr2013 ER - TY - JOUR AU - Tolonen, A. C. AU - Chilaka, A. C. AU - Church, G. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Targeted gene inactivation in Clostridium phytofermentans shows that cellulose degradation requires the family 9 hydrolase Cphy3367 JO - Mol Microbiol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2009.06890.x DO - 10.1111/j.1365-2958.2009.06890.x ID - Tolonen2009 ER - TY - JOUR AU - Aune, T. E. V. AU - Aachmann, F. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Methodologies to increase the transformation efficiencies and the range of bacteria that can be transformed JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 85 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-009-2349-1 DO - 10.1007/s00253-009-2349-1 ID - Aune2010 ER - TY - JOUR AU - Roberts, R. J. PY - 1987 DA - 1987// TI - Restriction enzymes and their isoschizomers JO - Nucleic Acids Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/nar/15.suppl.r189 DO - 10.1093/nar/15.suppl.r189 ID - Roberts1987 ER - TY - JOUR AU - Richards, D. F. AU - Linnett, P. E. AU - Oultram, J. D. AU - Young, M. PY - 1988 DA - 1988// TI - Restriction endonucleases in Clostridium pasteurianum ATCC 6013 and C. thermohydrosulfuricum DSM 568 JO - J Gen Microbiol VL - 134 ID - Richards1988 ER - TY - JOUR AU - Matsuura, M. AU - Saldanha, R. AU - Ma, H. W. AU - Wank, H. AU - Yang, J. AU - Mohr, G. AU - Cavanagh, S. AU - Dunny, G. M. AU - Belfort, M. AU - Lambowitz, A. M. PY - 1997 DA - 1997// TI - A bacterial group II intron encoding reverse transcriptase, maturase, DNA endonuclease activities: biochemical demonstration of maturase activity and insertion of new genetic information within the intron JO - Genes Dev VL - 11 UR - https://doi.org/10.1101/gad.11.21.2910 DO - 10.1101/gad.11.21.2910 ID - Matsuura1997 ER - TY - JOUR AU - Guo, H. T. AU - Karberg, M. AU - Long, M. AU - Jones, J. P. AU - Sullenger, B. AU - Lambowitz, A. M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Group II introns designed to insert into therapeutically relevant DNA target sites in human cells JO - Science VL - 289 UR - https://doi.org/10.1126/science.289.5478.452 DO - 10.1126/science.289.5478.452 ID - Guo2000 ER - TY - JOUR AU - Guss, A. M. AU - Olson, D. G. AU - Caiazza, N. C. AU - Lynd, L. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Dcm methylation is detrimental to plasmid transformation in Clostridium thermocellum JO - Biotechnol Biofuels VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1754-6834-5-30 DO - 10.1186/1754-6834-5-30 ID - Guss2012 ER - TY - JOUR AU - Leang, C. AU - Ueki, T. AU - Nevin, K. P. AU - Lovley, D. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - A genetic system for Clostridium ljungdahlii: a chassis for autotrophic production of biocommodities and a model homoacetogen JO - Appl Environ Microbiol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02891-12 DO - 10.1128/AEM.02891-12 ID - Leang2013 ER - TY - JOUR AU - Pyne, M. E. AU - Utturkar, S. AU - Brown, S. D. AU - Moo-Young, M. AU - Chung, D. A. AU - Chou, C. P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Improved draft genome sequence of Clostridium pasteurianum strain ATCC 6013 (DSM 525) using a hybrid next-generation sequencing approach JO - Genome Announc VL - 2 UR - https://doi.org/10.1128/genomeA.00790-14 DO - 10.1128/genomeA.00790-14 ID - Pyne2014 ER - TY - JOUR AU - Roberts, R. J. AU - Vincze, T. AU - Posfai, J. AU - Macelis, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - REBASE-a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp874 DO - 10.1093/nar/gkp874 ID - Roberts2010 ER - TY - JOUR AU - Dong, H. J. AU - Zhang, Y. P. AU - Dai, Z. J. AU - Li, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - Engineering Clostridium strain to accept unmethylated DNA JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009038 DO - 10.1371/journal.pone.0009038 ID - Dong2010 ER - TY - JOUR AU - Jennert, K. C. B. AU - Tardif, C. AU - Young, D. I. AU - Young, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene transfer to Clostridium cellulolyticum ATCC 35319 JO - Microbiology VL - 146 UR - https://doi.org/10.1099/00221287-146-12-3071 DO - 10.1099/00221287-146-12-3071 ID - Jennert2000 ER - TY - JOUR AU - Liu, S. C. AU - Minton, N. P. AU - Giaccia, A. J. AU - Brown, J. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Anticancer efficacy of systemically delivered anaerobic bacteria as gene therapy vectors targeting tumor hypoxia/necrosis JO - Gene Ther VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/sj.gt.3301659 DO - 10.1038/sj.gt.3301659 ID - Liu2002 ER - TY - JOUR AU - Nakotte, S. AU - Schaffer, S. AU - Bohringer, M. AU - Durre, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Electroporation of, plasmid isolation from and plasmid conservation in Clostridium acetobutylicum DSM 792 JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 50 UR - https://doi.org/10.1007/s002530051335 DO - 10.1007/s002530051335 ID - Nakotte1998 ER - TY - JOUR AU - Oultram, J. D. AU - Loughlin, M. AU - Swinfield, T. J. AU - Brehm, J. K. AU - Thompson, D. E. AU - Minton, N. P. PY - 1988 DA - 1988// TI - Introduction of plasmids into whole cells of Clostridium acetobutylicum by electroporation JO - FEMS Microbiol Lett VL - 56 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.1988.tb03154.x DO - 10.1111/j.1574-6968.1988.tb03154.x ID - Oultram1988 ER - TY - JOUR AU - Roberts, R. J. AU - Belfort, M. AU - Bestor, T. AU - Bhagwat, A. S. AU - Bickle, T. A. AU - Bitinaite, J. AU - Blumenthal, R. M. AU - Degtyarev, S. K. AU - Dryden, D. T. F. AU - Dybvig, K. AU - Firman, K. AU - Gromova, E. S. AU - Gumport, R. I. AU - Halford, S. E. AU - Hattman, S. AU - Heitman, J. AU - Hornby, D. P. AU - Janulaitis, A. AU - Jeltsch, A. AU - Josephsen, J. AU - Kiss, A. AU - Klaenhammer, T. R. AU - Kobayashi, I. AU - Kong, H. AU - Krüger, D. H. AU - Lacks, S. AU - Marinus, M. G. AU - Miyahara, M. AU - Morgan, R. D. AU - Murray, N. E. PY - 2003 DA - 2003// TI - A nomenclature for restriction enzymes, DNA methyltransferases, homing endonucleases and their genes JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg274 DO - 10.1093/nar/gkg274 ID - Roberts2003 ER - TY - JOUR AU - Cui, G. Z. AU - Zhang, J. AU - Hong, W. AU - Xu, C. G. AU - Feng, Y. G. AU - Cui, Q. AU - Liu, Y. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Improvement of ClosTron for successive gene disruption in Clostridium cellulolyticum using a pyrF-based screening system JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 98 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-013-5330-y DO - 10.1007/s00253-013-5330-y ID - Cui2014 ER - TY - JOUR AU - Al-Hinai, M. A. AU - Fast, A. G. AU - Papoutsakis, E. T. PY - 2012 DA - 2012// TI - Novel system for efficient isolation of Clostridium double-crossover allelic exchange mutants enabling markerless chromosomal gene deletions and DNA integration JO - Appl Environ Microbiol VL - 78 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02214-12 DO - 10.1128/AEM.02214-12 ID - Al-Hinai2012 ER - TY - JOUR AU - Jang, Y. S. AU - Im, J. A. AU - Choi, S. Y. AU - Lee, J. I. AU - Lee, S. Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Metabolic engineering of Clostridium acetobutylicum for butyric acid production with high butyric acid selectivity JO - Metab Eng VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymben.2014.03.004 DO - 10.1016/j.ymben.2014.03.004 ID - Jang2014 ER - TY - JOUR AU - Mermelstein, L. D. AU - Welker, N. E. AU - Bennett, G. N. AU - Papoutsakis, E. T. PY - 1992 DA - 1992// TI - Expression of cloned homologous fermentative genes in Clostridium acetobutylicum ATCC 824 JO - Nat Biotech VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nbt0292-190 DO - 10.1038/nbt0292-190 ID - Mermelstein1992 ER - TY - JOUR AU - Heap, J. T. AU - Pennington, O. J. AU - Cartman, S. T. AU - Minton, N. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - A modular system for Clostridium shuttle plasmids JO - J Microbiol Methods VL - 78 UR - https://doi.org/10.1016/j.mimet.2009.05.004 DO - 10.1016/j.mimet.2009.05.004 ID - Heap2009 ER - TY - JOUR AU - Kell, D. B. AU - Peck, M. W. AU - Rodger, G. AU - Morris, J. G. PY - 1981 DA - 1981// TI - On the permeability to weak acids and bases of the cytoplasmic membrane of Clostridium pasteurianum JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 99 UR - https://doi.org/10.1016/0006-291X(81)91715-0 DO - 10.1016/0006-291X(81)91715-0 ID - Kell1981 ER - TY - JOUR AU - Wilkinson, S. R. AU - Young, M. PY - 1993 DA - 1993// TI - Wide diversity of genome size among different strains of Clostridium acetobutylicum JO - J Gen Microbiol VL - 139 UR - https://doi.org/10.1099/00221287-139-5-1069 DO - 10.1099/00221287-139-5-1069 ID - Wilkinson1993 ER - TY - BOOK AU - Sambrook, J. AU - Fritsch, E. F. AU - Maniatis, T. PY - 1989 DA - 1989// TI - Molecular Cloning: A Laboratory Manual PB - Cold Spring Harbor Press CY - Cold Spring Harbor ID - Sambrook1989 ER -