TY - JOUR AU - McGlade, C. AU - Ekins, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - The geographical distribution of fossil fuels unused when limiting global warming to 2 °C JO - Nature VL - 517 UR - https://doi.org/10.1038/nature14016 DO - 10.1038/nature14016 ID - McGlade2015 ER - TY - BOOK PY - 2015 DA - 2015// TI - Industrialization of biology: a roadmap to accelerate the advanced manufacturing of chemicals PB - National Academies Press CY - Washington, D.C. ID - ref2 ER - TY - JOUR AU - Dürre, P. AU - Eikmanns, B. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - C1-carbon sources for chemical and fuel production by microbial gas fermentation JO - Curr Opin Biotechnol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1016/j.copbio.2015.03.008 DO - 10.1016/j.copbio.2015.03.008 ID - Dürre2015 ER - TY - JOUR AU - Liew, F. AU - Martin, M. E. AU - Tappel, R. C. AU - Heijstra, B. D. AU - Mihalcea, C. AU - Köpke, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Gas fermentation—a flexible platform for commercial scale production of low-carbon-fuels and chemicals from waste and renewable feedstocks JO - Front Microbiol VL - 7 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00694 DO - 10.3389/fmicb.2016.00694 ID - Liew2016 ER - TY - STD TI - Daniell J, Nagaraju S, Burton F, Köpke M, Simpson SD. Low-carbon fuel and chemical production by anaerobic gas fermentation. In: Advances in biochemical engineering/biotechnology. Berlin, Heidelberg: Springer; 2016. doi:10.1007/10_2015_5005. ID - ref5 ER - TY - CHAP AU - Drake, H. L. AU - Küsel, K. AU - Matthies, C. AU - Wood, H. G. AU - Ljungdahl, L. G. ED - Dworkin, M. ED - Falkow, S. ED - Rosenberg, E. ED - Schleifer, K. -. H. ED - Stackebrandt, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Acetogenic prokaryotes BT - The prokaryotes PB - Springer CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/0-387-30742-7_13 DO - 10.1007/0-387-30742-7_13 ID - Drake2006 ER - TY - JOUR AU - Burk, M. J. AU - Dien, S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Biotechnology for chemical production: challenges and opportunities JO - Trends Biotechnol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2015.10.007 DO - 10.1016/j.tibtech.2015.10.007 ID - Burk2016 ER - TY - JOUR AU - Marcellin, E. AU - Behrendorff, J. B. AU - Nagaraju, S. AU - DeTissera, S. AU - Segovia, S. AU - Palfreyman, R. W. AU - Daniell, J. AU - Licona-Cassani, C. AU - Quek, L. AU - Speight, R. AU - Hodson, M. P. AU - Simpson, S. D. AU - Mitchell, W. P. AU - Köpke, M. AU - Nielsen, L. K. PY - 2016 DA - 2016// TI - Low carbon fuels and commodity chemicals from waste gases—systematic approach to understand energy metabolism in a model acetogen JO - Green Chem VL - 18 UR - https://doi.org/10.1039/C5GC02708J DO - 10.1039/C5GC02708J ID - Marcellin2016 ER - TY - JOUR AU - Mock, J. AU - Zheng, Y. AU - Mueller, A. P. AU - Ly, S. AU - Tran, L. AU - Segovia, S. AU - Nagaraju, S. AU - Köpke, M. AU - Dürre, P. AU - Thauer, R. K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Energy conservation associated with ethanol formation from H2 and CO2 in Clostridium autoethanogenum involving electron bifurcation JO - J Bacteriol VL - 197 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00399-15 DO - 10.1128/JB.00399-15 ID - Mock2015 ER - TY - STD TI - Koepke M, Nagaraju S, Chen WY. Recombinant microorganisms and methods of use thereof. 2015. US, 9,057,071. ID - ref10 ER - TY - JOUR AU - Mali, P. AU - Yang, L. AU - Esvelt, K. M. AU - Aach, J. AU - Guell, M. AU - DiCarlo, J. E. AU - Norville, J. E. AU - Church, G. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - RNA-guided human genome engineering via Cas9 JO - Science VL - 339 UR - https://doi.org/10.1126/science.1232033 DO - 10.1126/science.1232033 ID - Mali2013 ER - TY - JOUR AU - Cong, L. AU - Ran, F. A. AU - Cox, D. AU - Lin, S. AU - Barretto, R. AU - Habib, N. AU - Hsu, P. D. AU - Wu, X. AU - Jiang, W. AU - Marraffini, L. A. AU - Zhang, F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems JO - Science VL - 339 UR - https://doi.org/10.1126/science.1231143 DO - 10.1126/science.1231143 ID - Cong2013 ER - TY - JOUR AU - Jinek, M. AU - Chylinski, K. AU - Fonfara, I. AU - Hauer, M. AU - Doudna, J. A. AU - Charpentier, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - A programmable dual-RNA–guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity JO - Science VL - 337 UR - https://doi.org/10.1126/science.1225829 DO - 10.1126/science.1225829 ID - Jinek2012 ER - TY - JOUR AU - Xu, T. AU - Li, Y. AU - Shi, Z. AU - Hemme, C. L. AU - Li, Y. AU - Zhu, Y. AU - Nostrand, J. D. AU - He, Z. AU - Zhou, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Efficient genome editing in Clostridium cellulolyticum via CRISPR-Cas9 nickase JO - Appl Environ Microbiol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00873-15 DO - 10.1128/AEM.00873-15 ID - Xu2015 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Zhang, Z. -. T. AU - Seo, S. -. O. AU - Lynn, P. AU - Lu, T. AU - Jin, Y. -. S. AU - Blaschek, H. P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Bacterial genome editing with CRISPR-Cas9: deletion, integration, single nucleotide modification, and desirable “Clean” mutant selection in Clostridium beijerinckii as an example JO - ACS Synth Biol ID - Wang2016 ER - TY - JOUR AU - Pyne, M. E. AU - Bruder, M. R. AU - Moo-Young, M. AU - Chung, D. A. AU - Chou, C. P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Harnessing heterologous and endogenous CRISPR-Cas machineries for efficient markerless genome editing in Clostridium JO - Sci Rep VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/srep25666 DO - 10.1038/srep25666 ID - Pyne2016 ER - TY - STD TI - Huang H, Chai C, Li N, Rowe P, Minton NP, Yang S, Jiang W, Gu Y. CRISPR/Cas9-based efficient genome editing in Clostridium ljungdahlii, an autotrophic gas-fermenting bacterium. ACS Synth Biol. 2016. 0(ja):acssynbio.6b00044. ID - ref17 ER - TY - STD TI - Li Q, Chen J, Minton NP, Zhang Y, Wen Z, Liu J, Yang H, Zeng Z, Ren X, Yang J, Gu Y, Jiang W, Jiang Y, Yang S. CRISPR-based genome editing and expression control systems in Clostridium acetobutylicum and Clostridium beijerinckii. Biotechnol J. 2016. ID - ref18 ER - TY - JOUR AU - Brown, S. D. AU - Nagaraju, S. AU - Utturkar, S. AU - Tissera, S. AU - Segovia, S. AU - Mitchell, W. AU - Land, M. L. AU - Dassanayake, A. AU - Köpke, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Comparison of single-molecule sequencing and hybrid approaches for finishing the genome of Clostridium autoethanogenum and analysis of CRISPR systems in industrial relevant Clostridia JO - Biotechnol Biofuels VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1754-6834-7-40 DO - 10.1186/1754-6834-7-40 ID - Brown2014 ER - TY - JOUR AU - Köpke, M. AU - Gerth, M. L. AU - Maddock, D. J. AU - Mueller, A. P. AU - Liew, F. AU - Simpson, S. D. AU - Patrick, W. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Reconstruction of an acetogenic 2,3-butanediol pathway involving a novel NADPH-dependent primary-secondary alcohol dehydrogenase JO - Appl Environ Microbiol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00301-14 DO - 10.1128/AEM.00301-14 ID - Köpke2014 ER - TY - JOUR AU - Köpke, M. AU - Mihalcea, C. AU - Liew, F. AU - Tizard, J. H. AU - Ali, M. S. AU - Conolly, J. J. AU - Al-Sinawi, B. AU - Simpson, S. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - 2,3-butanediol production by acetogenic bacteria, an alternative route to chemical synthesis, using industrial waste gas JO - Appl Environ Microbiol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00355-11 DO - 10.1128/AEM.00355-11 ID - Köpke2011 ER - TY - STD TI - Mueller AP, Koepke M, Al-Sinawi B, Jensen RO, Hill RE. Microorganisms and methods for the production of ketones. 2015. WO2015085015. ID - ref22 ER - TY - STD TI - Walker DJF, Köpke M. Method of producing a recombinant microorganism. 2015. WO2015116734. ID - ref23 ER - TY - STD TI - Koepke M, Liew F, Simpson SD. Recombinant microorganism and methods of production thereof. 2013. US20130224839. ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Rud, I. AU - Jensen, P. R. AU - Naterstad, K. AU - Axelsson, L. PY - 2006 DA - 2006// TI - A synthetic promoter library for constitutive gene expression in Lactobacillus plantarum JO - Microbiology VL - 152 UR - https://doi.org/10.1099/mic.0.28599-0 DO - 10.1099/mic.0.28599-0 ID - Rud2006 ER - TY - JOUR AU - Orth, P. AU - Schnappinger, D. AU - Hillen, W. AU - Saenger, W. AU - Hinrichs, W. PY - 2000 DA - 2000// TI - Structural basis of gene regulation by the tetracycline inducible Tet repressor-operator system JO - Nat Struct Mol Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/73324 DO - 10.1038/73324 ID - Orth2000 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Zhang, Z. -. T. AU - Seo, S. -. O. AU - Choi, K. AU - Lu, T. AU - Jin, Y. -. S. AU - Blaschek, H. P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Markerless chromosomal gene deletion in Clostridium beijerinckii using CRISPR/Cas9 system JO - J Biotechnol VL - 200 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2015.02.005 DO - 10.1016/j.jbiotec.2015.02.005 ID - Wang2015 ER - TY - STD TI - Heijstra, Bjorn Daniel; Kern, Evgenia; Koepke, Michael; Segovia, Simon; Liew F, Heijstra BD, Kern E, Köpke M, Segovia S, Liew F. Novel bacteria and methods of use thereof. 2015. WO2012015317. ID - ref28 ER - TY - STD TI - Minton NP, Zhang Y. Vector. 2013. WO2013144653. ID - ref29 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Grosse-Honebrink, A. AU - Minton, N. P. PY - 2015 DA - 2015// TI - A universal mariner transposon system for forward genetic studies in the genus Clostridium JO - PLoS ONE VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0122411 DO - 10.1371/journal.pone.0122411 ID - Zhang2015 ER - TY - JOUR AU - Kearse, M. AU - Moir, R. AU - Wilson, A. AU - Stones-Havas, S. AU - Cheung, M. AU - Sturrock, S. AU - Buxton, S. AU - Cooper, A. AU - Markowitz, S. AU - Duran, C. AU - Thierer, T. AU - Ashton, B. AU - Meintjes, P. AU - Drummond, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - geneious basic: an integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts199 DO - 10.1093/bioinformatics/bts199 ID - Kearse2012 ER -