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Table 2 Comparison of the crucial metabolic pathways among the five representative Clostridial strains

From: Genomic comparison of Clostridium species with the potential of utilizing red algal biomass for biobutanol production

Functional pathways (meta pathways labels) Clostridial strains
WA BC1 WB DSM 15410 NCIMB 14988
Carbohydrate metabolism
 Beta-1,4-d-mannosyl-N-acetyl-d-glucosamine degradation (PWY-7586)    Y   
 Cellulose biosynthesis (PWY-1001) Y Y    
 Cellulose degradation II (PWY-6788) Y Y Y Y Y
 d-Galactose degradation V (Leloir pathway, PWY66-422) Y Y Y Y  
 d-Galacturonate degradation I (GALACTUROCAT-PWY) Y Y    
 Ethanol degradation IV (PWY66-162)   Y Y Y Y
 Fucose degradation (FUCCAT-PWY)      Y
 GDP-mannose biosynthesis (PWY-5659)    Y   
 Gellan degradation (PWY-6827) Y     
 Gluconeogenesis I (GLUCONEO-PWY)    Y Y Y
 Glycerol degradation I (PWY-4261) Y Y Y Y Y
 Glycogen biosynthesis I (GLYCOGENSYNTH-PWY) Y Y    
 Glycolysis I (GLYCOLYSIS) Y Y Y Y Y
 Glycolysis III (ANAGLYCOLYSIS-PWY)    Y Y Y
 Lactose degradation III (BGALACT-PWY) Y     
 l-Ascorbate degradation II (PWY-6961)    Y   
 l-Rhamnose degradation I (RHAMCAT-PWY)      Y
 Maltose degradation (MALTOSECAT-PWY) Y Y    
 Pentose phosphate pathway (NONOXIPENT-PWY) Y Y    
 Pyruvate fermentation to acetone (PWY-6588) Y Y Y Y Y
 Pyruvate fermentation to butanoate (CENTFERM-PWY) Y     
 Sucrose biosynthesis II (PWY-7238) Y Y Y Y Y
 Sucrose degradation III (PWY-621) Y Y    
 TCA cycle VIII (REDCITCYC)    Y Y Y
 Trehalose degradation I (TREDEGLOW-PWY) Y     
 UDP-d-galactose biosynthesis (PWY-7344) Y Y Y Y Y
 UDP-glucose biosynthesis (PWY-7343) Y Y Y Y Y
Energy metabolism
 [2Fe-2S] iron-sulfur cluster biosynthesis (PWY-7250) Y Y Y Y Y
 Hydrogen production (PWY-6759) Y Y Y Y Y
 Hydrogen to dimethyl sulfoxide electron transfer (PWY0-1577) Y Y Y Y Y
 Phosphatidylethanolamine biosynthesis I (PWY-5669) Y   Y Y Y
 Sulfoquinovosyl diacylglycerol biosynthesis (PWYQT-4427) Y     
 Nitrogen fixation I (N2FIX-PWY) Y Y Y Y  
 Superoxide radicals degradation (DETOX1-PWY) Y     
 Thioredoxin pathway (THIOREDOX-PWY) Y     
 Urate biosynthesis/inosine 5-phosphate degradation (PWY-5695)    Y   
Metabolism of cofactors, vitamins and others
 Acetate conversion to acetyl-CoA (PWY0-1313)   Y    
 Acetate formation from acetyl-CoA I (PWY0-1312) Y Y Y Y Y
 Acyl-CoA hydrolysis (PWY-5148) Y     
 Phosphopantothenate biosynthesis I (PANTO-PWY) Y Y Y Y Y
 Riboflavin metabolism (RIBOFLAVIN-PWY) Y Y Y Y Y
 Fatty acid biosynthesis initiation I (PWY-4381) Y Y    
 CDP-diacylglycerol biosynthesis III (PWY-5981)    Y Y Y
 Poly-hydroxy fatty acids biosynthesis (PWY-6710) Y Y Y Y Y
 2,3-Dihydroxybenzoate biosynthesis (PWY-5901) Y Y    
  1. “Y” indicates the presence of relevant metabolic pathway