TY - JOUR AU - Mclaughlin, S. B. AU - Kszos, L. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Development of switchgrass (Panicum virgatum) as a bioenergy feedstock in the United States JO - Biomass Bioenergy VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.biombioe.2004.05.006 DO - 10.1016/j.biombioe.2004.05.006 ID - Mclaughlin2005 ER - TY - JOUR AU - Karp, A. AU - Shield, I. PY - 2008 DA - 2008// TI - Bioenergy from plants and the sustainable yield challenge JO - New Phytol VL - 179 UR - https://doi.org/10.1111/j.1469-8137.2008.02432.x DO - 10.1111/j.1469-8137.2008.02432.x ID - Karp2008 ER - TY - JOUR AU - Hopkins, A. A. AU - Taliaferro, C. M. AU - Murphy, C. D. AU - Christian, D. PY - 1996 DA - 1996// TI - Chromosome number and nuclear DNA content of several switchgrass populations JO - Crop Sci VL - 36 UR - https://doi.org/10.2135/cropsci1996.0011183X003600050021x DO - 10.2135/cropsci1996.0011183X003600050021x ID - Hopkins1996 ER - TY - JOUR AU - Parrish, D. J. AU - Fike, J. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - The biology and agronomy of switchgrass for biofuels JO - Crit Rev Plant Sci VL - 24 UR - https://doi.org/10.1080/07352680500316433 DO - 10.1080/07352680500316433 ID - Parrish2005 ER - TY - BOOK AU - Casler, M. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Switchgrass breeding, genetics, and genomics PB - Springer CY - Berlin UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4471-2903-5_2 DO - 10.1007/978-1-4471-2903-5_2 ID - Casler2012 ER - TY - JOUR AU - Okada, M. AU - Lanzatella, C. AU - Saha, M. C. AU - Bouton, J. AU - Wu, R. L. AU - Tobias, C. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Complete switchgrass genetic maps reveal subgenome collinearity, preferential pairing and multilocus interactions JO - Genetics VL - 185 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.110.113910 DO - 10.1534/genetics.110.113910 ID - Okada2010 ER - TY - JOUR AU - Finnegan, E. J. AU - Peacock, W. J. AU - Dennis, E. S. PY - 2000 DA - 2000// TI - DNA methylation, a key regulator of plant development and other processes JO - Curr Opin Genet Dev VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/S0959-437X(00)00061-7 DO - 10.1016/S0959-437X(00)00061-7 ID - Finnegan2000 ER - TY - JOUR AU - Pooggin, M. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - How can plant DNA viruses evade siRNA-directed DNA methylation and silencing? JO - Int J Mol Sci VL - 14 UR - https://doi.org/10.3390/ijms140815233 DO - 10.3390/ijms140815233 ID - Pooggin2013 ER - TY - JOUR AU - Li, E. AU - Beard, C. AU - Jaenisch, R. PY - 1993 DA - 1993// TI - Role for DNA methylation in genomic imprinting JO - Nature VL - 366 UR - https://doi.org/10.1038/366362a0 DO - 10.1038/366362a0 ID - Li1993 ER - TY - JOUR AU - Ibarra, C. A. AU - Feng, X. Q. AU - Schoft, V. K. AU - Hsieh, T. -. F. AU - Uzawa, R. AU - Rodrigues, J. A. AU - Zemach, A. AU - Chumak, N. AU - Machlicova, A. AU - Nishimura, T. PY - 2012 DA - 2012// TI - Active DNA demethylation in plant companion cells reinforces transposon methylation in gametes JO - Science VL - 337 UR - https://doi.org/10.1126/science.1224839 DO - 10.1126/science.1224839 ID - Ibarra2012 ER - TY - JOUR AU - Saze, H. AU - Tsugane, K. AU - Kanno, T. AU - Nishimura, T. PY - 2012 DA - 2012// TI - DNA methylation in plants: relationship to small RNAs and histone modifications, and functions in transposon inactivation JO - Plant Cell Physiol VL - 53 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/pcs008 DO - 10.1093/pcp/pcs008 ID - Saze2012 ER - TY - JOUR AU - Rival, A. AU - Ilbert, P. AU - Labeyrie, A. AU - Torres, E. AU - Doulbeau, S. AU - Personne, A. AU - Dussert, S. AU - Beulé, T. AU - Durand-Gasselin, T. AU - Tregear, J. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Variations in genomic DNA methylation during the long-term in vitro proliferation of oil palm embryogenic suspension cultures JO - Plant Cell Rep VL - 32 UR - https://doi.org/10.1007/s00299-012-1369-y DO - 10.1007/s00299-012-1369-y ID - Rival2013 ER - TY - JOUR AU - Law, J. A. AU - Jacobsen, S. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Establishing, maintaining and modifying DNA methylation patterns in plants and animals JO - Nat Rev Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2719 DO - 10.1038/nrg2719 ID - Law2010 ER - TY - JOUR AU - Bartel, D. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - MicroRNAs genomics, biogenesis, mechanism, and function JO - Cell VL - 116 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(04)00045-5 DO - 10.1016/S0092-8674(04)00045-5 ID - Bartel2004 ER - TY - JOUR AU - Zhang, B. H. AU - Pan, X. P. AU - Cobb, G. P. AU - Anderson, T. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Plant microRNA: a small regulatory molecule with big impact JO - Dev Biol VL - 289 UR - https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2005.10.036 DO - 10.1016/j.ydbio.2005.10.036 ID - Zhang2006 ER - TY - JOUR AU - Wilusz, J. E. AU - Sunwoo, H. AU - Spector, D. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Long noncoding RNAs: functional surprises from the RNA world JO - Genes Dev VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1800909 DO - 10.1101/gad.1800909 ID - Wilusz2009 ER - TY - JOUR AU - Ausin, I. AU - Feng, S. AU - Yu, C. AU - Liu, W. AU - Kuo, H. Y. AU - Jacobsen, E. L. AU - Zhai, J. AU - Gallegobartolome, J. AU - Wang, L. AU - Egertsdotter, U. D. N. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - methylome of the 20-gigabase Norway spruce genome JO - P Natl Acad Sci USA VL - 113 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1618019113 DO - 10.1073/pnas.1618019113 ID - Ausin2016 ER - TY - JOUR AU - Gent, J. I. AU - Ellis, N. A. AU - Guo, L. AU - Harkess, A. AU - Yao, Y. Y. AU - Zhang, X. Y. AU - Dawe, R. K. PY - 2013 DA - 2013// TI - CHH islands: de novo DNA methylation in near-gene chromatin regulation in maize JO - Genome Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gr.146985.112 DO - 10.1101/gr.146985.112 ID - Gent2013 ER - TY - JOUR AU - Song, Q. AU - Guan, X. AU - Chen, Z. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Dynamic roles for small RNAs and DNA methylation during ovule and fiber development in allotetraploid cotton JO - Plos Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1005724 DO - 10.1371/journal.pgen.1005724 ID - Song2015 ER - TY - JOUR AU - Xu, W. AU - Yang, T. AU - Dong, X. AU - Li, D. Z. AU - Liu, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Genomic DNA methylation analyses reveal the distinct profiles in castor bean seeds with persistent endosperms JO - Plant Physiol VL - 171 ID - Xu2016 ER - TY - JOUR AU - Ruscio, A. D. AU - Ebralidze, A. K. AU - Benoukraf, T. AU - Amabile, G. AU - Goff, L. A. AU - Terragni, J. AU - Figueroa, M. E. AU - Pontes, L. L. D. F. AU - Alberichjorda, M. AU - Zhang, P. PY - 2013 DA - 2013// TI - DNMT1-interacting RNAs block gene-specific DNA methylation JO - Nature VL - 503 UR - https://doi.org/10.1038/nature12598 DO - 10.1038/nature12598 ID - Ruscio2013 ER - TY - JOUR AU - Zhou, J. C. AU - Yang, L. H. AU - Zhong, T. Y. AU - Mueller, M. AU - Yi, M. AU - Na, Z. AU - Xie, J. K. AU - Giang, K. AU - Chung, H. AU - Sun, X. G. PY - 2015 DA - 2015// TI - H19 lncRNA alters DNA methylation genome wide by regulating S-adenosylhomocysteine hydrolase JO - Nat Commun VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms10221 DO - 10.1038/ncomms10221 ID - Zhou2015 ER - TY - JOUR AU - Pck, A. AU - Dennis, E. S. AU - Wang, M. B. PY - 2017 DA - 2017// TI - Analysis of argonaute 4-associated long non-coding RNA in Arabidopsis thaliana sheds novel insights into gene regulation through RNA-directed DNA methylation JO - Genes VL - 8 UR - https://doi.org/10.3390/genes8080198 DO - 10.3390/genes8080198 ID - Pck2017 ER - TY - JOUR AU - Song, Y. P. AU - Dong, C. AU - Tian, M. AU - Zhang, D. Q. PY - 2015 DA - 2015// TI - Stable methylation of a non-coding RNA gene regulates gene expression in response to abiotic stress in Populus simonii JO - J Exp Bot VL - 67 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/erv543 DO - 10.1093/jxb/erv543 ID - Song2015 ER - TY - JOUR AU - Still, C. J. AU - Berry, J. A. AU - Collatz, G. J. AU - Defries, R. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Global distribution of C3 and C4 vegetation: carbon cycle implications JO - Global Biogeochem Cycles VL - 17 UR - https://doi.org/10.1029/2001GB001807 DO - 10.1029/2001GB001807 ID - Still2003 ER - TY - JOUR AU - Xiu, L. AU - Zhu, J. D. AU - Hu, F. Y. AU - Ge, S. AU - Ye, M. Z. AU - Xiang, H. AU - Zhang, G. J. AU - Zheng, X. M. AU - Zhang, H. Y. AU - Zhang, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Single-base resolution maps of cultivated and wild rice methylomes and regulatory roles of DNA methylation in plant gene expression JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-300 DO - 10.1186/1471-2164-13-300 ID - Xiu2012 ER - TY - JOUR AU - Eichten, S. R. AU - Stuart, T. AU - Srivastava, A. AU - Lister, R. AU - Borevitz, J. O. PY - 2016 DA - 2016// TI - DNA methylation profiles of diverse Brachypodium distachyon aligns with underlying genetic diversity JO - Genome Res VL - 26 UR - https://doi.org/10.1101/gr.205468.116 DO - 10.1101/gr.205468.116 ID - Eichten2016 ER - TY - JOUR AU - Gardiner, L. J. AU - Quintontulloch, M. AU - Olohan, L. AU - Price, J. AU - Hall, N. AU - Hall, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - A genome-wide survey of DNA methylation in hexaploid wheat JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0838-3 DO - 10.1186/s13059-015-0838-3 ID - Gardiner2015 ER - TY - JOUR AU - Yang, H. AU - Chang, F. AU - You, C. AU - Cui, J. AU - Zhu, G. AU - Wang, L. AU - Zheng, Y. AU - Qi, J. AU - Ma, H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Whole-genome DNA methylation patterns and complex associations with gene structure and expression during flower development in Arabidopsis JO - Plant J VL - 81 UR - https://doi.org/10.1111/tpj.12726 DO - 10.1111/tpj.12726 ID - Yang2015 ER - TY - JOUR AU - Zhang, X. AU - Yazaki, J. AU - Sundaresan, A. AU - Cokus, S. AU - Chan, S. W. AU - Chen, H. AU - Henderson, I. R. AU - Shinn, P. AU - Pellegrini, M. AU - Jacobsen, S. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide high-resolution mapping and functional analysis of DNA methylation in Arabidopsis JO - Cell VL - 126 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.08.003 DO - 10.1016/j.cell.2006.08.003 ID - Zhang2006 ER - TY - JOUR AU - Schnable, P. S. AU - Ware, D. AU - Fulton, R. S. AU - Stein, J. C. AU - Wei, F. S. AU - Pasternak, S. AU - Liang, C. Z. AU - Zhang, J. W. AU - Fulton, L. AU - Graves, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - The B73 maize genome: complexity, diversity, and dynamics JO - Science VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1178534 DO - 10.1126/science.1178534 ID - Schnable2009 ER - TY - JOUR AU - Zhang, J. AU - Liu, Y. AU - Xia, E. H. AU - Yao, Q. Y. AU - Liu, X. D. AU - Gao, L. Z. PY - 2015 DA - 2015// TI - Autotetraploid rice methylome analysis reveals methylation variation of transposable elements and their effects on gene expression JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1515170112 DO - 10.1073/pnas.1515170112 ID - Zhang2015 ER - TY - JOUR AU - Schmidt, T. PY - 1999 DA - 1999// TI - LINEs, SINEs and repetitive DNA: non-LTR retrotransposons in plant genomes JO - Plant Mol Biol VL - 40 UR - https://doi.org/10.1023/A:1006212929794 DO - 10.1023/A:1006212929794 ID - Schmidt1999 ER - TY - JOUR AU - Hsieh, T. F. AU - Ibarra, C. A. AU - Silva, P. AU - Zemach, A. AU - Eshedwilliams, L. AU - Fischer, R. L. AU - Zilberman, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genome-wide demethylation of Arabidopsis endosperm JO - Science VL - 324 UR - https://doi.org/10.1126/science.1172417 DO - 10.1126/science.1172417 ID - Hsieh2009 ER - TY - JOUR AU - Becker, C. AU - Hagmann, J. AU - Müller, J. AU - Koenig, D. AU - Stegle, O. AU - Borgwardt, K. AU - Weigel, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Spontaneous epigenetic variation in the Arabidopsis thaliana methylome JO - Nature VL - 480 UR - https://doi.org/10.1038/nature10555 DO - 10.1038/nature10555 ID - Becker2011 ER - TY - JOUR AU - Song, Q. X. AU - Lu, X. AU - Li, Q. T. AU - Chen, H. AU - Hu, X. Y. AU - Ma, B. AU - Zhang, W. K. AU - Chen, S. Y. AU - Zhang, J. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome-wide analysis of DNA methylation in soybean JO - Mol Plant VL - 6 UR - https://doi.org/10.1093/mp/sst123 DO - 10.1093/mp/sst123 ID - Song2013 ER - TY - JOUR AU - Wang, Q. S. AU - Dong, C. AU - Li, T. AU - Li, P. W. AU - Song, Y. P. AU - Chen, J. H. AU - Quan, M. Y. AU - Zhou, D. L. AU - Zhang, D. Q. PY - 2016 DA - 2016// TI - The role of DNA methylation in Xylogenesis in different tissues of poplar JO - Front Plant Sci VL - 7 ID - Wang2016 ER - TY - JOUR AU - Cao, D. H. AU - Gao, X. AU - Liu, J. AU - Wang, X. P. AU - Geng, S. J. AU - Yang, C. W. AU - Liu, B. AU - Shi, D. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Root-specific DNA methylation in Chloris virgata, a natural alkaline-resistant halophyte, in response to salt and alkaline stresses JO - Plant Mol Biol Rep VL - 30 UR - https://doi.org/10.1007/s11105-012-0420-z DO - 10.1007/s11105-012-0420-z ID - Cao2012 ER - TY - JOUR AU - Ekanayake, I. J. PY - 1985 DA - 1985// TI - Inheritance of root characters and their relations to drought resistance in rice JO - Crop Sci VL - 25 UR - https://doi.org/10.2135/cropsci1985.0011183X002500060007x DO - 10.2135/cropsci1985.0011183X002500060007x ID - Ekanayake1985 ER - TY - JOUR AU - Hurley, M. B. AU - Rowarth, J. S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Resistance to root growth and changes in the concentrations of ABA within the root and xylem sap during root-restriction stress JO - J Exp Bot VL - 50 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/50.335.799 DO - 10.1093/jxb/50.335.799 ID - Hurley1999 ER - TY - JOUR AU - Yan, S. P. AU - Tang, Z. C. AU - Su, W. A. AU - Sun, W. N. PY - 2005 DA - 2005// TI - Proteomic analysis of salt stress-responsive proteins in rice root JO - Proteomics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1002/pmic.200400853 DO - 10.1002/pmic.200400853 ID - Yan2005 ER - TY - JOUR AU - Lu, X. D. AU - Wang, W. X. AU - Ren, W. AU - Chai, Z. G. AU - Guo, W. Z. AU - Chen, R. M. AU - Wang, L. AU - Zhao, J. AU - Lang, Z. H. AU - Fan, Y. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genome-wide epigenetic regulation of gene transcription in maize seeds JO - PLoS ONE VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0139582 DO - 10.1371/journal.pone.0139582 ID - Lu2015 ER - TY - BOOK AU - Myers, L. AU - Sirois, M. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Spearman correlation coefficients, differences between PB - Wiley CY - Hoboken UR - https://doi.org/10.1002/0471667196.ess5050.pub2 DO - 10.1002/0471667196.ess5050.pub2 ID - Myers2006 ER - TY - JOUR AU - Hu, M. C. AU - Pavlicova, M. AU - Nunes, E. V. PY - 2011 DA - 2011// TI - Zero-inflated and hurdle models of count data with extra zeros: examples from an HIV-risk reduction intervention trial JO - Am J Drug Alcohol Abuse VL - 37 UR - https://doi.org/10.3109/00952990.2011.597280 DO - 10.3109/00952990.2011.597280 ID - Hu2011 ER - TY - JOUR AU - Bengio, Y. AU - Grandvalet, Y. PY - 2004 DA - 2004// TI - No unbiased estimator of the variance of k-fold cross-validation JO - J Mach Learn Res VL - 5 ID - Bengio2004 ER - TY - JOUR AU - Haag, J. R. AU - Pikaard, C. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Multisubunit RNA polymerases IV and V: purveyors of non-coding RNA for plant gene silencing JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nrm3152 DO - 10.1038/nrm3152 ID - Haag2011 ER - TY - JOUR AU - Matzke, M. AU - Mosher, R. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - RNA-directed DNA, methylation: an epigenetic pathway of increasing complexity JO - Nat Rev Genet VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3683 DO - 10.1038/nrg3683 ID - Matzke2014 ER - TY - JOUR AU - Wang, H. AU - Niu, Q. W. AU - Wu, H. W. AU - Liu, J. AU - Ye, J. AU - Yu, N. AU - Chua, N. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Analysis of non-coding transcriptome in rice and maize uncovers roles of conserved lncRNAs associated with agriculture traits JO - Plant J VL - 84 UR - https://doi.org/10.1111/tpj.13018 DO - 10.1111/tpj.13018 ID - Wang2015 ER - TY - JOUR AU - Szcześniak, M. W. AU - Rosikiewicz, W. AU - Makałowska, I. PY - 2016 DA - 2016// TI - CANTATAdb: A collection of plant long non-coding RNAs JO - Plant Cell Physiol. VL - 57 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/pcv201 DO - 10.1093/pcp/pcv201 ID - Szcześniak2016 ER - TY - JOUR AU - Griffiths-Jones, S. AU - Moxon, S. AU - Marshall, M. AU - Khanna, A. AU - Eddy, S. R. AU - Bateman, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki081 DO - 10.1093/nar/gki081 ID - Griffiths-Jones2005 ER - TY - JOUR AU - Tolosa, A. AU - Sanjuán, J. AU - Leal, C. AU - Costas, J. AU - Moltó, M. D. AU - Frutos, R. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Rapid evolving RNA gene HAR1A and schizophrenia JO - Schizophr Res VL - 99 UR - https://doi.org/10.1016/j.schres.2007.10.011 DO - 10.1016/j.schres.2007.10.011 ID - Tolosa2008 ER - TY - JOUR AU - Herzing, L. B. K. AU - Romer, J. T. AU - Horn, J. M. AU - Ashworth, A. PY - 1997 DA - 1997// TI - Xist has properties of the X-chromosome inactivation centre JO - Nature VL - 386 UR - https://doi.org/10.1038/386272a0 DO - 10.1038/386272a0 ID - Herzing1997 ER - TY - JOUR AU - Fantes, J. AU - Ragge, N. K. AU - Lynch, S. A. AU - Mcgill, N. I. AU - Collin, J. R. AU - Howardpeebles, P. N. AU - Hayward, C. AU - Vivian, A. J. AU - Williamson, K. AU - Van, H. V. PY - 2003 DA - 2003// TI - Mutations in SOX2 cause anophthalmia JO - Nat Genet VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/ng1120 DO - 10.1038/ng1120 ID - Fantes2003 ER - TY - JOUR AU - Gabory, A. AU - Ripoche, M. A. AU - Le, D. A. AU - Watrin, F. AU - Ziyyat, A. AU - Forné, T. AU - Jammes, H. AU - Ainscough, J. F. AU - Surani, M. A. AU - Journot, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - H19 acts as a trans regulator of the imprinted gene network controlling growth in mice JO - Development VL - 136 UR - https://doi.org/10.1242/dev.036061 DO - 10.1242/dev.036061 ID - Gabory2009 ER - TY - JOUR AU - Lan, T. AU - Chang, L. AU - Wu, L. AU - Yuan, Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Downregulation of ZEB2-AS1 decreased tumor growth and metastasis in hepatocellular carcinoma JO - Mol Med Rep VL - 14 UR - https://doi.org/10.3892/mmr.2016.5836 DO - 10.3892/mmr.2016.5836 ID - Lan2016 ER - TY - JOUR AU - Qin, Y. AU - Chen, W. B. AU - Xiao, Y. AU - Yu, W. D. AU - Cai, X. AU - Dai, M. AU - Xu, T. T. AU - Huang, W. L. AU - Guo, W. AU - Deng, W. G. PY - 2015 DA - 2015// TI - RFPL3 and CBP synergistically upregulate hTERT activity and promote lung cancer growth JO - Oncotarget VL - 6 ID - Qin2015 ER - TY - JOUR AU - Nawrocki, E. P. AU - Burge, S. W. AU - Bateman, A. AU - Daub, J. AU - Eberhardt, R. Y. AU - Eddy, S. R. AU - Floden, E. W. AU - Gardner, P. P. AU - Jones, T. A. AU - Tate, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Rfam 12.0: updates to the RNA families database JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1063 DO - 10.1093/nar/gku1063 ID - Nawrocki2015 ER - TY - JOUR AU - Jaenisch, R. AU - Bird, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Epigenetic regulation of gene expression: how the genome integrates intrinsic and environmental signals JO - Nat Genet VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/ng1089 DO - 10.1038/ng1089 ID - Jaenisch2003 ER - TY - JOUR AU - Carninci, P. AU - Kasukawa, T. AU - Katayama, S. AU - Gough, J. AU - Frith, M. C. AU - Maeda, N. AU - Oyama, R. AU - Ravasi, T. AU - Lenhard, B. AU - Wells, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - The transcriptional landscape of the mammalian genome JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1112014 DO - 10.1126/science.1112014 ID - Carninci2005 ER - TY - JOUR AU - Kampa, D. AU - Cheng, J. AU - Kapranov, P. AU - Yamanaka, M. AU - Brubaker, S. AU - Cawley, S. AU - Drenkow, J. AU - Piccolboni, A. AU - Bekiranov, S. AU - Helt, G. PY - 2004 DA - 2004// TI - Novel RNAs identified from an in-depth analysis of the transcriptome of human chromosomes 21 and 22 JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2094104 DO - 10.1101/gr.2094104 ID - Kampa2004 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Chen, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Long noncoding RNAs: new regulators in plant development JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 436 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2013.05.086 DO - 10.1016/j.bbrc.2013.05.086 ID - Zhang2013 ER - TY - JOUR AU - Martinezreyna, J. M. AU - Vogel, K. P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Incompatibility systems in switchgrass JO - Crop Sci VL - 42 UR - https://doi.org/10.2135/cropsci2002.1800 DO - 10.2135/cropsci2002.1800 ID - Martinezreyna2002 ER - TY - JOUR AU - Sharma, M. K. AU - Sharma, R. AU - Cao, P. J. AU - Jenkins, J. AU - Bartley, L. E. AU - Qualls, M. AU - Grimwood, J. AU - Schmutz, J. AU - Rokhsar, D. S. AU - Ronald, P. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - A genome-wide survey of switchgrass genome structure and organization JO - PLoS ONE VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0033892 DO - 10.1371/journal.pone.0033892 ID - Sharma2012 ER - TY - JOUR AU - Dworkin, M. AU - Xie, S. AU - Saha, M. AU - Thimmapuram, J. AU - Kalavacharla, V. K. PY - 2017 DA - 2017// TI - Analyses of methylomes of upland and lowland switchgrass (Panicum virgatum) ecotypes using MeDIP-seq and BS-seq JO - BMC Genomics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-017-4218-0 DO - 10.1186/s12864-017-4218-0 ID - Dworkin2017 ER - TY - JOUR AU - Feng, S. H. AU - Cokus, S. J. AU - Zhang, X. Y. AU - Chen, P. AU - Bostick, M. AU - Goll, M. G. AU - Hetzel, J. AU - Jain, J. AU - Strauss, S. H. AU - Halpern, M. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Conservation and divergence of methylation patterning in plants and animals JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1002720107 DO - 10.1073/pnas.1002720107 ID - Feng2010 ER - TY - JOUR AU - Wang, H. AU - Beyene, G. AU - Zhai, J. X. AU - Feng, S. H. AU - Fahlgren, N. AU - Taylor, N. AU - Bart, R. AU - Carrington, J. C. AU - Jacobsen, S. E. AU - Ausin, I. PY - 2015 DA - 2015// TI - CG gene body DNA methylation changes and evolution of duplicated genes in cassava JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1519067112 DO - 10.1073/pnas.1519067112 ID - Wang2015 ER - TY - JOUR AU - Zemach, A. AU - Mcdaniel, I. E. AU - Silva, P. AU - Zilberman, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome-wide evolutionary analysis of eukaryotic DNA methylation JO - Science VL - 328 UR - https://doi.org/10.1126/science.1186366 DO - 10.1126/science.1186366 ID - Zemach2010 ER - TY - JOUR AU - Niederhuth, C. E. AU - Bewick, A. J. AU - Ji, L. AU - Alabady, M. S. AU - Kim, K. D. AU - Li, Q. AU - Rohr, N. A. AU - Rambani, A. AU - Burke, J. M. AU - Udall, J. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Widespread natural variation of DNA methylation within angiosperms JO - Genome Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-016-1059-0 DO - 10.1186/s13059-016-1059-0 ID - Niederhuth2016 ER - TY - JOUR AU - Zakrzewski, F. AU - Schmidt, M. AU - Lijsebettens, M. AU - Schmidt, T. PY - 2017 DA - 2017// TI - DNA methylation of retrotransposons, DNA transposons and genes in sugar beet (Beta vulgaris L.) JO - Plant J VL - 90 UR - https://doi.org/10.1111/tpj.13526 DO - 10.1111/tpj.13526 ID - Zakrzewski2017 ER - TY - JOUR AU - Suzuki, M. M. AU - Bird, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - DNA methylation landscapes: provocative insights from epigenomics JO - Nat Rev Genet VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2341 DO - 10.1038/nrg2341 ID - Suzuki2008 ER - TY - JOUR AU - Mann, J. J. AU - Barney, J. N. AU - Kyser, G. B. AU - Ditomaso, J. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Root system dynamics of Miscanthus × giganteus and Panicum virgatum in response to rainfed and irrigated conditions in California JO - Bioenergy Res VL - 6 UR - https://doi.org/10.1007/s12155-012-9287-y DO - 10.1007/s12155-012-9287-y ID - Mann2013 ER - TY - JOUR AU - Wang, S. K. AU - Bai, Y. H. AU - Shen, C. J. AU - Wu, Y. R. AU - Zhang, S. N. AU - Jiang, D. A. AU - Guilfoyle, T. J. AU - Ming, C. AU - Qi, Y. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Auxin-related gene families in abiotic stress response in Sorghum bicolor JO - Funct Integr Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1007/s10142-010-0174-3 DO - 10.1007/s10142-010-0174-3 ID - Wang2010 ER - TY - JOUR AU - Kim, M. C. AU - Panstruga, R. AU - Elliott, C. AU - Müller, J. AU - Devoto, A. AU - Yoon, H. W. AU - Park, H. C. AU - Cho, M. J. AU - Schulze-Lefert, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Calmodulin interacts with MLO protein to regulate defence against mildew in barley JO - Nature VL - 416 UR - https://doi.org/10.1038/416447a DO - 10.1038/416447a ID - Kim2002 ER - TY - JOUR AU - Müller, M. AU - Carell, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Structural biology of DNA photolyases and cryptochromes JO - Curr Opin Struct Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.sbi.2009.05.003 DO - 10.1016/j.sbi.2009.05.003 ID - Müller2009 ER - TY - JOUR AU - Nutan, K. K. AU - Kushwaha, H. R. AU - Singlapareek, S. L. AU - Pareek, A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Transcription dynamics of Saltol QTL localized genes encoding transcription factors, reveals their differential regulation in contrasting genotypes of rice JO - Funct Integr Genom VL - 17 UR - https://doi.org/10.1007/s10142-016-0529-5 DO - 10.1007/s10142-016-0529-5 ID - Nutan2017 ER - TY - JOUR AU - Mittler, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Oxidative stress, antioxidants and stress tolerance JO - Trends Plant Sci VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/S1360-1385(02)02312-9 DO - 10.1016/S1360-1385(02)02312-9 ID - Mittler2002 ER - TY - JOUR AU - Naito, K. AU - Zhang, F. AU - Tsukiyama, T. AU - Saito, H. AU - Hancock, C. N. AU - Richardson, A. O. AU - Okumoto, Y. AU - Tanisaka, T. AU - Wessler, S. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Unexpected consequences of a sudden and massive transposon amplification on rice gene expression JO - Nature VL - 461 UR - https://doi.org/10.1038/nature08479 DO - 10.1038/nature08479 ID - Naito2009 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. H. AU - Warren, J. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Mutations in retrotransposon AtCOPIA4 compromises resistance to Hyaloperonospora parasitica in Arabidopsis thaliana JO - Genet Mol Biol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1590/S1415-47572009005000099 DO - 10.1590/S1415-47572009005000099 ID - Wang2010 ER - TY - JOUR AU - Zheng, B. L. AU - Wang, Z. M. AU - Li, S. B. AU - Yu, B. AU - Liu, J. Y. AU - Chen, X. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Intergenic transcription by RNA polymerase II coordinates Pol IV and Pol V in siRNA-directed transcriptional gene silencing in Arabidopsis JO - Gene Dev VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1868009 DO - 10.1101/gad.1868009 ID - Zheng2009 ER - TY - JOUR AU - Böhmdorfer, G. AU - Rowley, M. J. AU - Zhu, Y. AU - Amies, I. AU - Wierzbicki, A. T. PY - 2014 DA - 2014// TI - RNA directed DNA methylation requires stepwise binding of silencing factors to long noncoding RNA JO - Plant J VL - 79 UR - https://doi.org/10.1111/tpj.12563 DO - 10.1111/tpj.12563 ID - Böhmdorfer2014 ER - TY - JOUR AU - Yang, X. J. AU - Han, H. AU - Carvalho, D. D. D. AU - Lay, F. D. AU - Jones, P. A. AU - Liang, G. N. PY - 2014 DA - 2014// TI - Gene body methylation can alter gene expression and is a therapeutic target in cancer JO - Cancer Cell VL - 26 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2014.07.028 DO - 10.1016/j.ccr.2014.07.028 ID - Yang2014 ER - TY - JOUR AU - Tran, R. K. AU - Henikoff, J. G. AU - Zilberman, D. AU - Ditt, R. F. AU - Jacobsen, S. E. AU - Henikoff, S. D. N. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - methylation profiling identifies CG methylation clusters in Arabidopsis genes JO - Curr Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2005.01.008 DO - 10.1016/j.cub.2005.01.008 ID - Tran2005 ER - TY - JOUR AU - Zilberman, D. AU - Gehring, M. AU - Tran, R. K. AU - Ballinger, T. AU - Henikoff, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide analysis of Arabidopsis thaliana DNA methylation uncovers an interdependence between methylation and transcription JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng1929 DO - 10.1038/ng1929 ID - Zilberman2007 ER - TY - JOUR AU - Miguel, C. AU - Marum, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - An epigenetic view of plant cells cultured in vitro: somaclonal variation and beyond JO - J of Exp Bot VL - 62 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/err155 DO - 10.1093/jxb/err155 ID - Miguel2011 ER - TY - JOUR AU - Cai, X. Z. AU - Cullen, B. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - The imprinted H19 noncoding RNA is a primary microRNA precursor JO - RNA VL - 13 UR - https://doi.org/10.1261/rna.351707 DO - 10.1261/rna.351707 ID - Cai2007 ER - TY - JOUR AU - Uva, P. AU - Sacco, L. D. AU - Corno, M. D. AU - Baldassarre, A. AU - Sestili, P. AU - Orsini, M. AU - Palma, A. AU - Gessani, S. AU - Masotti, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Rat mir-155 generated from the lncRNA Bic is ‘hidden’ in the alternate genomic assembly and reveals the existence of novel mammalian miRNAs and clusters JO - RNA VL - 19 UR - https://doi.org/10.1261/rna.035394.112 DO - 10.1261/rna.035394.112 ID - Uva2013 ER - TY - JOUR AU - Wu, M. F. AU - Tseng, K. C. AU - Huang, T. AU - Chang, H. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Pectinesterase inhibitor in rubbery banana (Musa sapientum L.) JO - J Food Sci VL - 67 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2621.2002.tb10284.x DO - 10.1111/j.1365-2621.2002.tb10284.x ID - Wu2002 ER - TY - JOUR AU - Zykwinska, A. W. AU - Ralet, M. C. AU - Garnier, C. D. AU - Thibault, J. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evidence for in vitro binding of pectin side chains to cellulose JO - Plant Physiol VL - 139 UR - https://doi.org/10.1104/pp.105.065912 DO - 10.1104/pp.105.065912 ID - Zykwinska2005 ER - TY - JOUR AU - Demartini, J. D. AU - Pattathil, S. AU - Miller, J. S. AU - Li, H. J. AU - Hahn, M. G. AU - Wyman, C. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Investigating plant cell wall components that affect biomass recalcitrance in poplar and switchgrass JO - Energy Environ Sci VL - 6 UR - https://doi.org/10.1039/c3ee23801f DO - 10.1039/c3ee23801f ID - Demartini2013 ER - TY - JOUR AU - Sarath, G. AU - Dien, B. S. AU - Saathoff, A. J. AU - Vogel, K. P. AU - Mitchell, R. B. AU - Chen, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Ethanol yields and cell wall properties in divergently bred switchgrass genotypes JO - Bioresour Technol VL - 102 UR - https://doi.org/10.1016/j.biortech.2011.07.086 DO - 10.1016/j.biortech.2011.07.086 ID - Sarath2011 ER - TY - JOUR AU - Wysocka-Diller, J. W. AU - Helariutta, Y. AU - Fukaki, H. AU - Malamy, J. E. AU - Benfey, P. N. PY - 2000 DA - 2000// TI - Molecular analysis of SCARECROW function reveals a radial patterning mechanism common to root and shoot JO - Development VL - 127 ID - Wysocka-Diller2000 ER - TY - JOUR AU - Slewinski, T. L. AU - Anderson, A. A. AU - Zhang, C. T. AU - Turgeon, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Scarecrow plays a role in establishing Kranz anatomy in maize leaves JO - Plant Cell Physiol VL - 53 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/pcs147 DO - 10.1093/pcp/pcs147 ID - Slewinski2012 ER - TY - JOUR AU - Sbabou, L. AU - Bucciarelli, B. AU - Miller, S. AU - Liu, J. AU - Berhada, F. AU - Filalimaltouf, A. AU - Allan, D. AU - Vance, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Molecular analysis of SCARECROW genes expressed in white lupin cluster roots JO - J Exp Bot VL - 61 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/erp400 DO - 10.1093/jxb/erp400 ID - Sbabou2010 ER - TY - JOUR AU - Hardin, C. F. AU - Fu, C. X. AU - Hisano, H. AU - Xiao, X. R. AU - Shen, H. AU - Stewart, C. N. AU - Parrott, W. AU - Dixon, R. A. AU - Wang, Z. Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Standardization of switchgrass sample collection for cell wall and biomass trait analysis JO - Bioenerg Res VL - 6 UR - https://doi.org/10.1007/s12155-012-9292-1 DO - 10.1007/s12155-012-9292-1 ID - Hardin2013 ER - TY - JOUR AU - Du, J. M. AU - Johnson, L. M. AU - Groth, M. AU - Feng, S. H. AU - Hale, C. J. AU - Li, S. S. AU - Vashisht, A. A. AU - Gallegobartolome, J. AU - Wohlschlegel, J. A. AU - Patel, D. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Mechanism of DNA methylation-directed histone methylation by KRYPTONITE JO - Mol Cell VL - 55 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2014.06.009 DO - 10.1016/j.molcel.2014.06.009 ID - Du2014 ER - TY - JOUR AU - Aronesty, E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Comparison of sequencing utility programs JO - Op Bioinform J VL - 7 UR - https://doi.org/10.2174/1875036201307010001 DO - 10.2174/1875036201307010001 ID - Aronesty2013 ER - TY - JOUR AU - Xi, Y. X. AU - Li, W. PY - 2009 DA - 2009// TI - BSMAP: whole genome bisulfite sequence MAPping program JO - BMC Bioinform VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-232 DO - 10.1186/1471-2105-10-232 ID - Xi2009 ER - TY - JOUR AU - Cuevas, A. AU - Febrero, M. AU - Fraiman, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - An anova test for functional data JO - Comput Stat Data Anal VL - 47 UR - https://doi.org/10.1016/j.csda.2003.10.021 DO - 10.1016/j.csda.2003.10.021 ID - Cuevas2007 ER - TY - STD TI - Alexa A, Rahnenfuhrer J. topGO: enrichment analysis for gene ontology. R package version 2.26.0. 2016. http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/topGO.html. Accessed 5 Apr 2017 UR - http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/topGO.html ID - ref99 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Pertea, G. AU - Trapnell, C. AU - Pimentel, H. AU - Kelley, R. AU - Salzberg, S. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-4-r36 DO - 10.1186/gb-2013-14-4-r36 ID - Kim2013 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Roberts, A. AU - Goff, L. A. AU - Pertea, G. AU - Kim, D. AU - Kelley, D. R. AU - Pimentel, H. AU - Salzberg, S. L. AU - Rinn, J. L. AU - Pachter, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks JO - Nat Protoc VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2012.016 DO - 10.1038/nprot.2012.016 ID - Trapnell2012 ER - TY - JOUR AU - Li, B. AU - Dewey, C. N. PY - 2011 DA - 2011// TI - RSEM accurate transcript quantification from RNA-Seq data with or without a reference genome JO - BMC Bioinform VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-323 DO - 10.1186/1471-2105-12-323 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Sun, L. AU - Luo, H. T. AU - Bu, D. C. AU - Zhao, G. G. AU - Yu, K. T. AU - Zhang, C. H. AU - Liu, Y. N. AU - Chen, R. S. AU - Zhao, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Utilizing sequence intrinsic composition to classify protein-coding and long non-coding transcripts JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt646 DO - 10.1093/nar/gkt646 ID - Sun2013 ER - TY - JOUR AU - Kong, L. AU - Zhang, Y. AU - Ye, Z. Q. AU - Liu, X. Q. AU - Zhao, S. Q. AU - Wei, L. P. AU - Gao, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - CPC assess the protein-coding potential of transcripts using sequence features and support vector machine JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm391 DO - 10.1093/nar/gkm391 ID - Kong2007 ER - TY - JOUR AU - Nawrocki, E. P. AU - Eddy, S. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Infernal 1.1: 100-fold faster RNA homology searches JO - Bioinformatics VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt509 DO - 10.1093/bioinformatics/btt509 ID - Nawrocki2013 ER - TY - JOUR AU - Wu, Y. G. AU - Wei, B. AU - Liu, H. Z. AU - Li, T. X. AU - Rayner, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - MiRPara: a SVM-based software tool for prediction of most probable microRNA coding regions in genome scale sequences JO - BMC Bioinform VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-107 DO - 10.1186/1471-2105-12-107 ID - Wu2011 ER - TY - JOUR AU - Harris, M. A. AU - Clark, J. I. AU - Ireland, A. AU - Lomax, J. AU - Ashburner, M. AU - Foulger, R. E. AU - Eilbeck, K. AU - Lewis, S. E. AU - Marshall, B. AU - Mungall, C. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - The gene ontology (GO) database and informatics resource JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh066 DO - 10.1093/nar/gkh066 ID - Harris2004 ER - TY - JOUR AU - Young, M. D. AU - Wakefield, M. J. AU - Smyth, G. K. AU - Alicia, O. PY - 2010 DA - 2010// TI - Gene ontology analysis for RNA-seq: accounting for selection bias JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-2-r14 DO - 10.1186/gb-2010-11-2-r14 ID - Young2010 ER - TY - JOUR AU - Mao, X. Z. AU - Cai, T. AU - Olyarchuk, J. G. AU - Wei, L. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Automated genome annotation and pathway identification using the KEGG Orthology (KO) as a controlled vocabulary JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti430 DO - 10.1093/bioinformatics/bti430 ID - Mao2005 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Trapnell, C. AU - Pop, M. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-3-r25 DO - 10.1186/gb-2009-10-3-r25 ID - Langmead2009 ER -