TY - JOUR AU - Zilber-Rosenberg, I. AU - Rosenberg, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Role of microorganisms in the evolution of animals and plants: the hologenome theory of evolution JO - FEMS Microbiol Rev VL - 32 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2008.00123.x DO - 10.1111/j.1574-6976.2008.00123.x ID - Zilber-Rosenberg2008 ER - TY - JOUR AU - Yeoman, C. J. AU - White, B. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Gastrointestinal tract microbiota and probiotics in production animals JO - Annu Rev Anim Biosci VL - 2 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-animal-022513-114149 DO - 10.1146/annurev-animal-022513-114149 ID - Yeoman2014 ER - TY - JOUR AU - Stevens, C. E. AU - Hume, I. D. PY - 1998 DA - 1998// TI - Contributions of microbes in vertebrate gastrointestinal tract to production and conservation of nutrients JO - Physiol Rev VL - 78 UR - https://doi.org/10.1152/physrev.1998.78.2.393 DO - 10.1152/physrev.1998.78.2.393 ID - Stevens1998 ER - TY - JOUR AU - Li, R. W. AU - Connor, E. E. AU - Li, C. AU - Baldwin Vi, R. L. AU - Sparks, M. E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Characterization of the rumen microbiota of pre-ruminant calves using metagenomic tools JO - Environ Microbiol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2011.02543.x DO - 10.1111/j.1462-2920.2011.02543.x ID - Li2012 ER - TY - JOUR AU - Russell, J. B. AU - Rychlik, J. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Factors that alter rumen microbial ecology JO - Science VL - 292 UR - https://doi.org/10.1126/science.1058830 DO - 10.1126/science.1058830 ID - Russell2001 ER - TY - JOUR AU - Godoy-Vitorino, F. AU - Goldfarb, K. C. AU - Karaoz, U. AU - Leal, S. AU - Garcia-Amado, M. A. AU - Hugenholtz, P. AU - Tringe, S. G. AU - Brodie, E. L. AU - Dominguez-Bello, M. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Comparative analyses of foregut and hindgut bacterial communities in hoatzins and cows JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.131 DO - 10.1038/ismej.2011.131 ID - Godoy-Vitorino2012 ER - TY - JOUR AU - Bergman, E. N. PY - 1990 DA - 1990// TI - Energy contributions of volatile fatty acids from the gastrointestinal tract in various species JO - Physiol Rev VL - 70 UR - https://doi.org/10.1152/physrev.1990.70.2.567 DO - 10.1152/physrev.1990.70.2.567 ID - Bergman1990 ER - TY - JOUR AU - Chaucheyras-Durand, F. AU - Ossa, F. PY - 2014 DA - 2014// TI - Review: the rumen microbiome: composition, abundance, diversity, and new investigative tools JO - Prof Anim Sci VL - 30 ID - Chaucheyras-Durand2014 ER - TY - JOUR AU - Durso, L. M. AU - Harhay, G. P. AU - Smith, T. P. AU - Bono, J. L. AU - Desantis, T. Z. AU - Harhay, D. M. AU - Andersen, G. L. AU - Keen, J. E. AU - Laegreid, W. W. AU - Clawson, M. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Animal-to-animal variation in fecal microbial diversity among beef cattle JO - Appl Environ Microbiol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00207-10 DO - 10.1128/AEM.00207-10 ID - Durso2010 ER - TY - JOUR AU - Gharechahi, J. AU - Zahiri, H. S. AU - Noghabi, K. A. AU - Salekdeh, G. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - In-depth diversity analysis of the bacterial community resident in the camel rumen JO - Syst Appl Microbiol VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.syapm.2014.09.004 DO - 10.1016/j.syapm.2014.09.004 ID - Gharechahi2015 ER - TY - JOUR AU - Wu, S. AU - Baldwin, R. AU - Li, W. AU - Li, C. AU - Connor, E. AU - Li, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - The bacterial community composition of the bovine rumen detected using pyrosequencing of 16S rRNA genes JO - Metagenomics VL - 1 UR - https://doi.org/10.4303/mg/235571 DO - 10.4303/mg/235571 ID - Wu2012 ER - TY - JOUR AU - Petri, R. M. AU - Schwaiger, T. AU - Penner, G. B. AU - Beauchemin, K. A. AU - Forster, R. J. AU - McKinnon, J. J. AU - McAllister, T. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Characterization of the core rumen microbiome in cattle during transition from forage to concentrate as well as during and after an acidotic challenge JO - PLoS ONE VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0083424 DO - 10.1371/journal.pone.0083424 ID - Petri2013 ER - TY - JOUR AU - Jami, E. AU - Israel, A. AU - Kotser, A. AU - Mizrahi, I. PY - 2013 DA - 2013// TI - Exploring the bovine rumen bacterial community from birth to adulthood JO - ISME J VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2013.2 DO - 10.1038/ismej.2013.2 ID - Jami2013 ER - TY - JOUR AU - Jami, E. AU - Mizrahi, I. PY - 2012 DA - 2012// TI - Composition and similarity of bovine rumen microbiota across individual animals JO - PLoS ONE VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0033306 DO - 10.1371/journal.pone.0033306 ID - Jami2012 ER - TY - JOUR AU - Ilmberger, N. AU - Gullert, S. AU - Dannenberg, J. AU - Rabausch, U. AU - Torres, J. AU - Wemheuer, B. AU - Alawi, M. AU - Poehlein, A. AU - Chow, J. AU - Turaev, D. PY - 2014 DA - 2014// TI - A comparative metagenome survey of the fecal microbiota of a breast- and a plant-fed Asian elephant reveals an unexpectedly high diversity of glycoside hydrolase family enzymes JO - PLoS ONE VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0106707 DO - 10.1371/journal.pone.0106707 ID - Ilmberger2014 ER - TY - JOUR AU - Hess, M. AU - Sczyrba, A. AU - Egan, R. AU - Kim, T. W. AU - Chokhawala, H. AU - Schroth, G. AU - Luo, S. AU - Clark, D. S. AU - Chen, F. AU - Zhang, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Metagenomic discovery of biomass-degrading genes and genomes from cow rumen JO - Science VL - 331 UR - https://doi.org/10.1126/science.1200387 DO - 10.1126/science.1200387 ID - Hess2011 ER - TY - JOUR AU - Brulc, J. M. AU - Antonopoulos, D. A. AU - Miller, M. E. AU - Wilson, M. K. AU - Yannarell, A. C. AU - Dinsdale, E. A. AU - Edwards, R. E. AU - Frank, E. D. AU - Emerson, J. B. AU - Wacklin, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Gene-centric metagenomics of the fiber-adherent bovine rumen microbiome reveals forage specific glycoside hydrolases JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0806191105 DO - 10.1073/pnas.0806191105 ID - Brulc2009 ER - TY - JOUR AU - Pope, P. B. AU - Mackenzie, A. K. AU - Gregor, I. AU - Smith, W. AU - Sundset, M. A. AU - McHardy, A. C. AU - Morrison, M. AU - Eijsink, V. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Metagenomics of the Svalbard reindeer rumen microbiome reveals abundance of polysaccharide utilization loci JO - PLoS ONE VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0038571 DO - 10.1371/journal.pone.0038571 ID - Pope2012 ER - TY - JOUR AU - Jose, V. L. AU - More, R. P. AU - Appoothy, T. AU - Arun, A. S. PY - 2017 DA - 2017// TI - In depth analysis of rumen microbial and carbohydrate-active enzymes profile in Indian crossbred cattle JO - Syst Appl Microbiol VL - 40 UR - https://doi.org/10.1016/j.syapm.2017.02.003 DO - 10.1016/j.syapm.2017.02.003 ID - Jose2017 ER - TY - JOUR AU - Stewart, R. D. AU - Auffret, M. D. AU - Warr, A. AU - Wiser, A. H. AU - Press, M. O. AU - Langford, K. W. AU - Liachko, I. AU - Snelling, T. J. AU - Dewhurst, R. J. AU - Walker, A. W. PY - 2018 DA - 2018// TI - Assembly of 913 microbial genomes from metagenomic sequencing of the cow rumen JO - Nat Commun VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-018-03317-6 DO - 10.1038/s41467-018-03317-6 ID - Stewart2018 ER - TY - JOUR AU - Campanaro, S. AU - Treu, L. AU - Kougias, P. G. AU - Francisci, D. AU - Valle, G. AU - Angelidaki, I. PY - 2016 DA - 2016// TI - Metagenomic analysis and functional characterization of the biogas microbiome using high throughput shotgun sequencing and a novel binning strategy JO - Biotechnol Biofuels VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/s13068-016-0441-1 DO - 10.1186/s13068-016-0441-1 ID - Campanaro2016 ER - TY - JOUR AU - Gullert, S. AU - Fischer, M. A. AU - Turaev, D. AU - Noebauer, B. AU - Ilmberger, N. AU - Wemheuer, B. AU - Alawi, M. AU - Rattei, T. AU - Daniel, R. AU - Schmitz, R. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Deep metagenome and metatranscriptome analyses of microbial communities affiliated with an industrial biogas fermenter, a cow rumen, and elephant feces reveal major differences in carbohydrate hydrolysis strategies JO - Biotechnol Biofuels VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/s13068-016-0534-x DO - 10.1186/s13068-016-0534-x ID - Gullert2016 ER - TY - JOUR AU - Vanwonterghem, I. AU - Jensen, P. D. AU - Rabaey, K. AU - Tyson, G. W. PY - 2016 DA - 2016// TI - Genome-centric resolution of microbial diversity, metabolism and interactions in anaerobic digestion JO - Environ Microbiol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1111/1462-2920.13382 DO - 10.1111/1462-2920.13382 ID - Vanwonterghem2016 ER - TY - JOUR AU - Wang, C. AU - Dong, D. AU - Wang, H. AU - Muller, K. AU - Qin, Y. AU - Wang, H. AU - Wu, W. PY - 2016 DA - 2016// TI - Metagenomic analysis of microbial consortia enriched from compost: new insights into the role of Actinobacteria in lignocellulose decomposition JO - Biotechnol Biofuels VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/s13068-016-0440-2 DO - 10.1186/s13068-016-0440-2 ID - Wang2016 ER - TY - JOUR AU - Wilkens, C. AU - Busk, P. K. AU - Pilgaard, B. AU - Zhang, W. J. AU - Nielsen, K. L. AU - Nielsen, P. H. AU - Lange, L. PY - 2017 DA - 2017// TI - Diversity of microbial carbohydrate-active enzymes in Danish anaerobic digesters fed with wastewater treatment sludge JO - Biotechnol Biofuels VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/s13068-017-0840-y DO - 10.1186/s13068-017-0840-y ID - Wilkens2017 ER - TY - JOUR AU - Albertsen, M. AU - Hugenholtz, P. AU - Skarshewski, A. AU - Nielsen, K. L. AU - Tyson, G. W. AU - Nielsen, P. H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome sequences of rare, uncultured bacteria obtained by differential coverage binning of multiple metagenomes JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2579 DO - 10.1038/nbt.2579 ID - Albertsen2013 ER - TY - JOUR AU - Solden, L. M. AU - Hoyt, D. W. AU - Collins, W. B. AU - Plank, J. E. AU - Daly, R. A. AU - Hildebrand, E. AU - Beavers, T. J. AU - Wolfe, R. AU - Nicora, C. D. AU - Purvine, S. O. PY - 2017 DA - 2017// TI - New roles in hemicellulosic sugar fermentation for the uncultivated Bacteroidetes family BS11 JO - ISME J VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2016.150 DO - 10.1038/ismej.2016.150 ID - Solden2017 ER - TY - JOUR AU - Lasken, R. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genomic sequencing of uncultured microorganisms from single cells JO - Nat Rev Microbiol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro2857 DO - 10.1038/nrmicro2857 ID - Lasken2012 ER - TY - JOUR AU - Henderson, G. AU - Cox, F. AU - Ganesh, S. AU - Jonker, A. AU - Young, W. AU - Global Rumen Census, C. AU - Janssen, P. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Rumen microbial community composition varies with diet and host, but a core microbiome is found across a wide geographical range JO - Sci Rep VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/srep14567 DO - 10.1038/srep14567 ID - Henderson2015 ER - TY - JOUR AU - Samsudin, A. A. AU - Wright, A. D. AU - Al, J. a. s. s. i. m. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Cellulolytic bacteria in the foregut of the dromedary camel (Camelus dromedarius) JO - Appl Environ Microbiol VL - 78 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02420-12 DO - 10.1128/AEM.02420-12 ID - Samsudin2012 ER - TY - JOUR AU - Peng, Y. AU - Leung, H. C. AU - Yiu, S. M. AU - Chin, F. Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts174 DO - 10.1093/bioinformatics/bts174 ID - Peng2012 ER - TY - JOUR AU - Bankevich, A. AU - Nurk, S. AU - Antipov, D. AU - Gurevich, A. A. AU - Dvorkin, M. AU - Kulikov, A. S. AU - Lesin, V. M. AU - Nikolenko, S. I. AU - Pham, S. AU - Prjibelski, A. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing JO - J Comput Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2012.0021 DO - 10.1089/cmb.2012.0021 ID - Bankevich2012 ER - TY - JOUR AU - Hyatt, D. AU - LoCascio, P. F. AU - Hauser, L. J. AU - Uberbacher, E. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Gene and translation initiation site prediction in metagenomic sequences JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts429 DO - 10.1093/bioinformatics/bts429 ID - Hyatt2012 ER - TY - JOUR AU - Bose, T. AU - Haque, M. M. AU - Reddy, C. AU - Mande, S. S. PY - 2015 DA - 2015// TI - COGNIZER: a framework for functional annotation of metagenomic datasets JO - PLoS ONE VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0142102 DO - 10.1371/journal.pone.0142102 ID - Bose2015 ER - TY - JOUR AU - Yin, Y. AU - Mao, X. AU - Yang, J. AU - Chen, X. AU - Mao, F. AU - Xu, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - dbCAN: a web resource for automated carbohydrate-active enzyme annotation JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks479 DO - 10.1093/nar/gks479 ID - Yin2012 ER - TY - JOUR AU - Finn, R. D. AU - Coggill, P. AU - Eberhardt, R. Y. AU - Eddy, S. R. AU - Mistry, J. AU - Mitchell, A. L. AU - Potter, S. C. AU - Punta, M. AU - Qureshi, M. AU - Sangrador-Vegas, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - The Pfam protein families database: towards a more sustainable future JO - Nucleic Acids Res VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv1344 DO - 10.1093/nar/gkv1344 ID - Finn2016 ER - TY - JOUR AU - Eddy, S. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - A new generation of homology search tools based on probabilistic inference JO - Genome Inform VL - 23 ID - Eddy2009 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Beier, S. AU - Flade, I. AU - Gorska, A. AU - El-Hadidi, M. AU - Mitra, S. AU - Ruscheweyh, H. J. AU - Tappu, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - MEGAN community edition—interactive exploration and analysis of large-scale microbiome sequencing data JO - PLoS Comput Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004957 DO - 10.1371/journal.pcbi.1004957 ID - Huson2016 ER - TY - JOUR AU - Svartstrom, O. AU - Alneberg, J. AU - Terrapon, N. AU - Lombard, V. AU - Bruijn, I. AU - Malmsten, J. AU - Dalin, A. M. AU - Muller, E. AU - Shah, P. AU - Wilmes, P. PY - 2017 DA - 2017// TI - Ninety-nine de novo assembled genomes from the moose (Alces alces) rumen microbiome provide new insights into microbial plant biomass degradation JO - ISME J VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2017.108 DO - 10.1038/ismej.2017.108 ID - Svartstrom2017 ER - TY - JOUR AU - Wang, Q. AU - Garrity, G. M. AU - Tiedje, J. M. AU - Cole, J. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy JO - Appl Environ Microbiol VL - 73 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00062-07 DO - 10.1128/AEM.00062-07 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Kang, D. D. AU - Froula, J. AU - Egan, R. AU - Wang, Z. PY - 2015 DA - 2015// TI - MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities JO - PeerJ VL - 3 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.1165 DO - 10.7717/peerj.1165 ID - Kang2015 ER - TY - JOUR AU - Parks, D. H. AU - Imelfort, M. AU - Skennerton, C. T. AU - Hugenholtz, P. AU - Tyson, G. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - CheckM: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes JO - Genome Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1101/gr.186072.114 DO - 10.1101/gr.186072.114 ID - Parks2015 ER - TY - JOUR AU - Ruby, J. G. AU - Bellare, P. AU - Derisi, J. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - PRICE: software for the targeted assembly of components of (Meta) genomic sequence data JO - G3 (Bethesda) VL - 3 UR - https://doi.org/10.1534/g3.113.005967 DO - 10.1534/g3.113.005967 ID - Ruby2013 ER - TY - JOUR AU - Segata, N. AU - Bornigen, D. AU - Morgan, X. C. AU - Huttenhower, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - PhyloPhlAn is a new method for improved phylogenetic and taxonomic placement of microbes JO - Nat Commun VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms3304 DO - 10.1038/ncomms3304 ID - Segata2013 ER - TY - JOUR AU - Seemann, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Prokka: rapid prokaryotic genome annotation JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153 DO - 10.1093/bioinformatics/btu153 ID - Seemann2014 ER - TY - JOUR AU - Grondin, J. M. AU - Tamura, K. AU - Dejean, G. AU - Abbott, D. W. AU - Brumer, H. PY - 2017 DA - 2017// TI - Polysaccharide utilization loci: fueling microbial communities JO - J Bacteriol UR - https://doi.org/10.1128/JB.00860-16 DO - 10.1128/JB.00860-16 ID - Grondin2017 ER - TY - JOUR AU - Terrapon, N. AU - Lombard, V. AU - Gilbert, H. J. AU - Henrissat, B. PY - 2015 DA - 2015// TI - Automatic prediction of polysaccharide utilization loci in Bacteroidetes species JO - Bioinformatics VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu716 DO - 10.1093/bioinformatics/btu716 ID - Terrapon2015 ER - TY - JOUR AU - Heuvel, R. H. H. AU - Fraaije, M. W. AU - Mattevi, A. AU - Laane, C. AU - Berkel, W. J. H. PY - 2001 DA - 2001// TI - Vanillyl-alcohol oxidase, a tasteful biocatalyst JO - J Mol Catal B Enzym VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/S1381-1177(00)00062-X DO - 10.1016/S1381-1177(00)00062-X ID - Heuvel2001 ER - TY - JOUR AU - Suen, G. AU - Weimer, P. J. AU - Stevenson, D. M. AU - Aylward, F. O. AU - Boyum, J. AU - Deneke, J. AU - Drinkwater, C. AU - Ivanova, N. N. AU - Mikhailova, N. AU - Chertkov, O. PY - 2011 DA - 2011// TI - The complete genome sequence of Fibrobacter succinogenes S85 reveals a cellulolytic and metabolic specialist JO - PLoS ONE VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0018814 DO - 10.1371/journal.pone.0018814 ID - Suen2011 ER - TY - JOUR AU - Sun, X. Z. AU - Joblin, K. N. AU - Andrew, I. G. AU - Hoskin, S. O. AU - Harris, P. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Degradation of forage chicory by ruminal fibrolytic bacteria JO - J Appl Microbiol VL - 105 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2008.03861.x DO - 10.1111/j.1365-2672.2008.03861.x ID - Sun2008 ER - TY - JOUR AU - Ding, S. Y. AU - Rincon, M. T. AU - Lamed, R. AU - Martin, J. C. AU - McCrae, S. I. AU - Aurilia, V. AU - Shoham, Y. AU - Bayer, E. A. AU - Flint, H. J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Cellulosomal scaffoldin-like proteins from Ruminococcus flavefaciens JO - J Bacteriol VL - 183 UR - https://doi.org/10.1128/JB.183.6.1945-1953.2001 DO - 10.1128/JB.183.6.1945-1953.2001 ID - Ding2001 ER - TY - JOUR AU - Berg Miller, M. E. AU - Antonopoulos, D. A. AU - Rincon, M. T. AU - Band, M. AU - Bari, A. AU - Akraiko, T. AU - Hernandez, A. AU - Thimmapuram, J. AU - Henrissat, B. AU - Coutinho, P. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Diversity and strain specificity of plant cell wall degrading enzymes revealed by the draft genome of Ruminococcus flavefaciens FD-1 JO - PLoS ONE VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0006650 DO - 10.1371/journal.pone.0006650 ID - Berg Miller2009 ER - TY - JOUR AU - Suen, G. AU - Stevenson, D. M. AU - Bruce, D. C. AU - Chertkov, O. AU - Copeland, A. AU - Cheng, J. F. AU - Detter, C. AU - Detter, J. C. AU - Goodwin, L. A. AU - Han, C. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Complete genome of the cellulolytic ruminal bacterium Ruminococcus albus 7 JO - J Bacteriol VL - 193 UR - https://doi.org/10.1128/JB.05621-11 DO - 10.1128/JB.05621-11 ID - Suen2011 ER - TY - JOUR AU - Dai, X. AU - Tian, Y. AU - Li, J. AU - Luo, Y. AU - Liu, D. AU - Zheng, H. AU - Wang, J. AU - Dong, Z. AU - Hu, S. AU - Huang, L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Metatranscriptomic analyses of plant cell wall polysaccharide degradation by microorganisms in the cow rumen JO - Appl Environ Microbiol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.03682-14 DO - 10.1128/AEM.03682-14 ID - Dai2015 ER - TY - JOUR AU - Dassa, B. AU - Borovok, I. AU - Ruimy-Israeli, V. AU - Lamed, R. AU - Flint, H. J. AU - Duncan, S. H. AU - Henrissat, B. AU - Coutinho, P. AU - Morrison, M. AU - Mosoni, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Rumen cellulosomics: divergent fiber-degrading strategies revealed by comparative genome-wide analysis of six ruminococcal strains JO - PLoS ONE VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0099221 DO - 10.1371/journal.pone.0099221 ID - Dassa2014 ER - TY - JOUR AU - Rincon, M. T. AU - Dassa, B. AU - Flint, H. J. AU - Travis, A. J. AU - Jindou, S. AU - Borovok, I. AU - Lamed, R. AU - Bayer, E. A. AU - Henrissat, B. AU - Coutinho, P. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Abundance and diversity of dockerin-containing proteins in the fiber-degrading rumen bacterium, Ruminococcus flavefaciens FD-1 JO - PLoS ONE VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0012476 DO - 10.1371/journal.pone.0012476 ID - Rincon2010 ER - TY - JOUR AU - Bensoussan, L. AU - Morais, S. AU - Dassa, B. AU - Friedman, N. AU - Henrissat, B. AU - Lombard, V. AU - Bayer, E. A. AU - Mizrahi, I. PY - 2017 DA - 2017// TI - Broad phylogeny and functionality of cellulosomal components in the bovine rumen microbiome JO - Environ Microbiol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1111/1462-2920.13561 DO - 10.1111/1462-2920.13561 ID - Bensoussan2017 ER - TY - JOUR AU - Reichardt, N. AU - Duncan, S. H. AU - Young, P. AU - Belenguer, A. AU - McWilliam Leitch, C. AU - Scott, K. P. AU - Flint, H. J. AU - Louis, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Phylogenetic distribution of three pathways for propionate production within the human gut microbiota JO - ISME J VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2014.14 DO - 10.1038/ismej.2014.14 ID - Reichardt2014 ER - TY - JOUR AU - Louis, P. AU - Young, P. AU - Holtrop, G. AU - Flint, H. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Diversity of human colonic butyrate-producing bacteria revealed by analysis of the butyryl-CoA:acetate CoA-transferase gene JO - Environ Microbiol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2009.02066.x DO - 10.1111/j.1462-2920.2009.02066.x ID - Louis2010 ER - TY - JOUR AU - Wong, M. T. AU - Wang, W. AU - Couturier, M. AU - Razeq, F. M. AU - Lombard, V. AU - Lapebie, P. AU - Edwards, E. A. AU - Terrapon, N. AU - Henrissat, B. AU - Master, E. R. PY - 2017 DA - 2017// TI - Comparative metagenomics of cellulose- and poplar hydrolysate-degrading microcosms from gut microflora of the Canadian Beaver (Castor canadensis) and North American Moose (Alces americanus) after long-term enrichment JO - Front Microbiol VL - 8 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.02504 DO - 10.3389/fmicb.2017.02504 ID - Wong2017 ER - TY - JOUR AU - Warnecke, F. AU - Luginbuhl, P. AU - Ivanova, N. AU - Ghassemian, M. AU - Richardson, T. H. AU - Stege, J. T. AU - Cayouette, M. AU - McHardy, A. C. AU - Djordjevic, G. AU - Aboushadi, N. PY - 2007 DA - 2007// TI - Metagenomic and functional analysis of hindgut microbiota of a wood-feeding higher termite JO - Nature VL - 450 UR - https://doi.org/10.1038/nature06269 DO - 10.1038/nature06269 ID - Warnecke2007 ER - TY - JOUR AU - Doi, R. H. AU - Kosugi, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Cellulosomes: plant-cell-wall-degrading enzyme complexes JO - Nat Rev Microbiol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro925 DO - 10.1038/nrmicro925 ID - Doi2004 ER - TY - JOUR AU - Schwarz, W. H. PY - 2001 DA - 2001// TI - The cellulosome and cellulose degradation by anaerobic bacteria JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 56 UR - https://doi.org/10.1007/s002530100710 DO - 10.1007/s002530100710 ID - Schwarz2001 ER - TY - JOUR AU - Flint, H. J. AU - Bayer, E. A. AU - Rincon, M. T. AU - Lamed, R. AU - White, B. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Polysaccharide utilization by gut bacteria: potential for new insights from genomic analysis JO - Nat Rev Microbiol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1817 DO - 10.1038/nrmicro1817 ID - Flint2008 ER - TY - JOUR AU - Jose, V. L. AU - Appoothy, T. AU - More, R. P. AU - Arun, A. S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Metagenomic insights into the rumen microbial fibrolytic enzymes in Indian crossbred cattle fed finger millet straw JO - AMB Express VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/s13568-016-0310-0 DO - 10.1186/s13568-016-0310-0 ID - Jose2017 ER - TY - JOUR AU - Krause, D. O. AU - Denman, S. E. AU - Mackie, R. I. AU - Morrison, M. AU - Rae, A. L. AU - Attwood, G. T. AU - McSweeney, C. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Opportunities to improve fiber degradation in the rumen: microbiology, ecology, and genomics JO - FEMS Microbiol Rev VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-6445(03)00072-X DO - 10.1016/S0168-6445(03)00072-X ID - Krause2003 ER - TY - JOUR AU - Zhu, N. AU - Yang, J. AU - Ji, L. AU - Liu, J. AU - Yang, Y. AU - Yuan, H. PY - 2016 DA - 2016// TI - Metagenomic and metaproteomic analyses of a corn stover-adapted microbial consortium EMSD5 reveal its taxonomic and enzymatic basis for degrading lignocellulose JO - Biotechnol Biofuels VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/s13068-016-0658-z DO - 10.1186/s13068-016-0658-z ID - Zhu2016 ER - TY - JOUR AU - Aluwong, T. AU - Kobo, P. I. AU - Abdullahi, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Volatile fatty acids production in ruminants and the role of monocarboxylate transporters: a review JO - Afr J Biotechnol VL - 9 ID - Aluwong2010 ER - TY - JOUR AU - Macfarlane, S. AU - Macfarlane, G. T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Regulation of short-chain fatty acid production JO - Proc Nutr Soc VL - 62 UR - https://doi.org/10.1079/PNS2002207 DO - 10.1079/PNS2002207 ID - Macfarlane2003 ER - TY - JOUR AU - Besten, G. AU - Eunen, K. AU - Groen, A. K. AU - Venema, K. AU - Reijngoud, D. J. AU - Bakker, B. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - The role of short-chain fatty acids in the interplay between diet, gut microbiota, and host energy metabolism JO - J Lipid Res VL - 54 UR - https://doi.org/10.1194/jlr.R036012 DO - 10.1194/jlr.R036012 ID - Besten2013 ER - TY - JOUR AU - Khalili Ghadikolaei, K. AU - Gharechahi, J. AU - Haghbeen, K. AU - Akbari Noghabi, K. AU - Hosseini Salekdeh, G. AU - Shahbani, Z. a. h. i. r. i. H. PY - 2018 DA - 2018// TI - A cold-adapted endoglucanase from camel rumen with high catalytic activity at moderate and low temperatures: an anomaly of truly cold-adapted evolution in a mesophilic environment JO - Extremophiles VL - 22 UR - https://doi.org/10.1007/s00792-018-0999-6 DO - 10.1007/s00792-018-0999-6 ID - Khalili Ghadikolaei2018 ER -