Table 1 Expression patterns of carbohydrate-active enzyme encoding genes of P. radiata
Cellulose active | CAZy | Hemicellulose active | CAZy | Pectin active | CAZy | Lignin active | CAZy |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
Group 1: anaerobically induced genes | |||||||
 plus.g8293 | AA9 | plus.g13357 | GH10 | plus.g1493 | GH28 |  |  |
 plus.g10695 | AA9 | minus.g4431 | GH31 | plus.g10556 | GH105 |  |  |
 minus.g531 | AA9 | plus.g1199 | GH31 |  |  |  |  |
 minus.g2565 | GH5_5 |  |  |  |  |  |  |
 minus.g2003 | GH7 |  |  |  |  |  |  |
 plus.g2026 | GH7 |  |  |  |  |  |  |
 minus.g8589 | GH7 |  |  |  |  |  |  |
 plus.g13166 | GH9 |  |  |  |  |  |  |
 minus.g170 | GH45 |  |  |  |  |  |  |
 plus.g7035 | GH45 |  |  |  |  |  |  |
Group 2: lignocellulose-induced genes under both atmospheres | |||||||
 minus.g10273 | AA9 | plus.g12321 | CE1 | minus.g3209 | GH28 |  |  |
 plus.g9320 | AA9 | minus.g10669 | CE15 |  |  |  |  |
 minus.g8537 | GH5_5 | minus.g10025 | CE16 |  |  |  |  |
 minus.g2832 | GH5_22 | minus.g319 | GH5_7 |  |  |  |  |
 plus.g2874 | GH5_22 | plus.g3697 | GH11 |  |  |  |  |
 plus.g4342 | GH6 | minus.g5676 | GH35 |  |  |  |  |
 minus.g169 | GH45 | minus.g7290 | GH74 |  |  |  |  |
 plus.g5796 | GH131 |  |  |  |  |  |  |
Group 3: lignocellulose-induced genes under aerobic conditions | |||||||
 plus.g9628 | AA3_1 | minus.g2146 | AA5 | plus.g11923 | CE8 | plus.g1419 | MnP1-long |
 minus.g10274 | AA9 | minus.g1785 | CE15 | plus.g5896 | CE8 | plus.g10562 | MnP2-long |
 minus.g3552 | AA9 | minus.g3957 | CE16 | plus.g6259 | GH28 |  |  |
 plus.g11539 | AA9 | plus.g637 | CE16 | minus.g11678 | GH28 |  |  |
 plus.g11538 | AA9 | minus.g9090 | CE16 | minus.g10006 | GH28 |  |  |
 plus.g13374 | AA9 | plus.g9565 | GH2 | minus.g4364 | GH53 |  |  |
 minus.g2505 | GH3 | plus.g7205 | GH5_7 | minus.g8873 | PL4 |  |  |
 plus.g7451 | GH5_5 | minus.g11036 | GH10 |  |  |  |  |
 minus.g2568 | GH5_5 | minus.g12190 | GH10 |  |  |  |  |
 plus.g8163 | GH7 | minus.g11656 | GH10 |  |  |  |  |
 minus.g5721 | GH12 | minus.g11034 | GH10 |  |  |  |  |
 plus.g1671 | GH44 | minus.g5675 | GH35 |  |  |  |  |
 minus.g9081 | GH131 | minus.g4481 | GH43 |  |  |  |  |
| Â | Â | plus.g1633 | GH51 | Â | Â | Â | Â |
| Â | Â | minus.g9719 | GH95 | Â | Â | Â | Â |
| Â | Â | minus.g5364 | GH115 | Â | Â | Â | Â |
Group 4: spruce wood substrate induced genes | |||||||
 minus.g5595 | GH7 | minus.g7380 | CE1 |  |  | minus.g3073 | LiP1 |
| Â | Â | plus.g12991 | GH2 | Â | Â | minus.g6827 | LiP2 |
| Â | Â | minus.g11037 | GH10 | Â | Â | plus.g11059 | LiP3 |
| Â | Â | Â | Â | Â | Â | plus.g453 | MnP3-short |
| Â | Â | Â | Â | Â | Â | minus.g3827 | MnP6-long |
Group 5: spruce wood + core board mixture substrate induced genes | |||||||
 plus.g9738 | GH12 | minus.g3390 | GH5_7 | plus.g1505 | GH28 |  |  |
| Â | Â | plus.g8530 | GH27 | minus.g11677 | GH28 | Â | Â |
| Â | Â | minus.g9779 | GH29 | plus.g9417 | GH78 | Â | Â |
| Â | Â | plus.g11941 | GH35 | minus.g2361 | GH78 | Â | Â |
| Â | Â | minus.g11462 | GH43 | plus.g9742 | GH105 | Â | Â |
| Â | Â | minus.g10886 | GH74 | minus.g12950 | GH105 | Â | Â |